Форма самоё — это форма винительного падежа единственного числа от местоимения сама. Старое самоё — это современное саму, что в данном случае явно не подходит. В тексте же представлена форма местоимения самый в устаревшем ныне употреблении, близком употреблению современного сам. Ср. в той же книге: …да и самый факт возможного убийства Чумаковой ничем не подтверждался…

Согласно правилам, существительное, которому предшествует два или несколько определений, указывающих на разновидности предметов, ставится в форме единстенного числа, если перечисляемые разновидности предметов или явлений внутренне связаны, например: в правой и левой руке (половине, стороне и т. п.); оперное и балетное искусство; промышленный и аграрный переворот; учащиеся среднего и старшего школьного возраста.

Поэтому верно: не надо делить команды на первый и второй сорт.

Глагол наблюдается больше подходит для описания процессов или явлений, требующих наблюдения или изучения, а в данном случае констатируется факт, и это можно выразить словами видно или заметно. Кроме того, предлог согласно употребляется при указании на то, с чем согласуется действие, соответствием чему оно определяется, что для констатациии факта также не подходит. Предложение можно переформулировать так: На рисунке видно (заметно), что ветвь проходит выше.

Совершенно верно, эти словосочетания не являются количественно-именными, в отличие от много деревьев или пять деревьев. И (в отличие от количественно-именных) они не являются одним членом предложения. И многие, и некоторые — распространители (определения) при подлежащем. Тот факт, что определения многие и некоторые косвенным образом указывают на количество, не превращает их в количественные слова: они только имеют количественный компонент в значении.

Глаголы остаться и оставаться различаются видом, что отражается и в их значениях. Остаться — глагол совершенного вида, обозначает факт завершенного действия, указывает на достижение результата (хотя бы в данный момент), например, когда после происшествия или события кто-то остался живым. Оставаться — глагол несовершенного вида, указывает на длительность или привычное состояние, например, когда кто-то продолжает быть живым в течение какого-либо времени.

Словарями это слово не зафиксировано, но можно предположить, что оно состоит из приставки прото- [< греч. prōtos первый] 'первая составная часть сложных слов, обозначающая: первоначальный, первичный, напр. проторенессанс'  и сравнительно недавнего заимствования квир — 'термин, используемый для обозначения человека, чья сексуальность и/или гендерная идентичность отличаются от большинства'. Так, протоквир-теоретиком называют Мишеля Фуко, размышлявшим на подобные темы задолго до появления термина квир. 

Сочетание железный рубль достаточно регулярно употребляется в значении 'металлический рубль', например: Его тотчас тряханули и раскололи на два железных рубля и один бумажный [Н. Н. Козаков. Дневник (1962)]; ...я увидел, как моя рука стремительно отпрянула и испуганно исчезла в моем кармане, зажав между указательным и большим пальцем железный рубль [Владимир Алексеев. Дневник «Филолога» (1969-1972) // «Ковчег», 1980] и т. п.

В статье, на которую Вы ссылаетесь, этот факт объяснен: "В декабре 1906 года Распутин подает прошение на высочайшее имя об изменении своей фамилии на Распутин-Новых, ссылаясь на то, что многие его односельчане носят ту же фамилию, из-за чего могут быть недоразумения. Прошение было удовлетворено (Варламов А. Н. [tululu.org/read14005/ Григорий Распутин-Новый]. — М.: Молодая гвардия, 2007. — 851 с. — (ЖЗЛ). — ISBN 978-5-235-02956-9). 

Невозможно игнорировать тот факт, что у слова онкология в современном русском языке появилось новое значение — 'онкологическое заболевание', пусть оно и воспринимается пока как примета разговорной речи. Это значение действительно не зафиксировано пока в нормативных словарях русского языка. Но из этого совершенно не следует, что такое употребление слова онкология ошибочно. Скорее стоит признать, что словари, как это часто бывает, запаздывают с фиксацией нового значения слова.