Правильно: заведующий сектором ХХХ. После названия должности заведующий (равно как и управляющий) существительное ставится в творительном падеже. Это объясняется тем, что существительное заведующий возникло путем субстантивации (перехода слов из одной части речи в другую), оно произошло из причастия (человек, заведующий чем?) и, став существительным, обозначающим должность, сохранило свое управление.

Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

Представляется уместным и в такого рода разговорных обозначениях театров писать первое слово с прописной буквы. В написании типа Магнитогорская драма прописная буква будет сигналом того, что речь идет об имени собственном, что имеется в виду театр. Ср.: магнитогорская драма — о каком-либо тяжелом событии, произошедшем в Магнитогорске.

Корректно: не замерзшая еще речка. 

С полными формами причастий отрицание не пишется раздельно:

а) если при них имеются зависимые слова, напр.: человек, не гнушающийся никакими средствами; не ведающий, что творит; не заботящийся о пропитании; друзья, не видевшиеся много лет; не подтверждаемая фактами версия; не признанный современниками гений; не опознанный наземными службами объект; не связанный обязательствами; не обязанный подчиняться; не растроганный её слезами; давно не стиранное платье; с весны не крашенная крыша;

б) в составе конструкций с противопоставлением или конструкций, усиливающих отрицание, напр.:

Это не законченная работа, а какие-то наброски; не знающий, а лишь догадывающийся; не воюющие, а мирно соседствующие страны; не уважаемый — любимый; отнюдь не успокоенный, нимало не смущённая, нисколько не обрадованный, никем не замеченный, никогда не унывающий, никем не любимый.

Нужно искать соответствующее прилагательное, от которого образовано это наречие - скрупулезный. Производные наречия, как правило, не приводятся в словарях в качестве заголовочных единиц словарных статей.

Большой толковый словарь

В сочетаниях типа абсолютно неисследованная территория определения пишутся слитно с не, так как слова очень, крайне, весьма, чрезвычайно, явно, довольно (довольно-таки ), достаточно, вопиюще, исключительно, в высшей степени – это слова со значением степени проявления признака, подчеркивающие утверждение, напр.: очень недобросовестная работа, спал очень неспокойно, стал крайне неактивен и нерасторопен, отвечал крайне невразумительно и неудовлетворительно, весьма незаурядный, весьма необдуманно, чрезвычайно неотзывчивый человек, чрезвычайно неприятно, явно нецелесообразная затея, довольно неудачный финал, достаточно непротиворечиво, вопиюще неграмотный, исключительно неблагоприятные обстоятельства, в высшей степени неприлично.