Корректно: 1. А главное – нет книги захоронения, своего рода истории деревни... 2. Запятые поставлены правильно. 3. Многое еще можно поправить, например восстановить... 4. Обособление оборотов с в соответствии факультативно.

Во всех случаях: согласно графику.

Правильно раздельное написание: по крайней мере. Написание через дефис невозможно.

Слова по крайней мере могут быть выделены запятыми как вводные. Обычно запятые ставятся, если слова по крайней мере расположены после слов, с которыми связаны по смыслу: Во мне, по крайней мере, ненависть к ней часто кипела страшная! (Л. Толстой, Крейцерова соната). При ином порядке слов (когда слова по крайней мере расположены перед соотносящимися с ними по смыслу словами) обособление, как правило, не требуется: На нем появились даже краски, в глазах блеск, что-то вроде отваги или по крайней мере самоуверенности. (И. Гончаров, Обломов).

Частица ну запятой не отделяется. Обособляется междометие ну, выражающее призыв или побуждение к действию: Ну, рассказывай! Вставай, ну! Ну, за встречу!

Частица ну в отличие от междометия не имеет ударения и не отделяется интонационно от последующих слов: Ну что за жизнь настала! Ну и что, что не сделал?  Ну как тебе не стыдно?

Написание слова порядок с прописной (большой) буквы теоретически возможно в контексте, где ему приписывается особый высокий смысл. Но на практике с подобным написанием сталкиваться не приходилось.

Химикалии – то же, что химикаты. Эти слова синонимичны и взаимозаменяемы, разницы в значении и употреблении нет.

Местоимение Вы, Ваш пишется с прописной буквы при вежливом обращении к одному лицу. См. подробно в «Письмовнике».

Правильно: и. о. генерального директора (но: врио – временно исполняющий обязанности).

Запятые ставятся согласно правилам пунктуации: ими обособляется сравнительный оборот с союзом как.

Представить документ - показать, предъявить. Предоставить документ - передать, вручить.