Хороший вопрос. По общему правилу запятая не ставится, если придаточное предложение состоит из одного только союзного слова: Я в скором времени уезжаю, но я еще не решил куда. В приведенном Вами примере придаточное, усеченное до одного союзного слова, стоит после союза, но перед главным предложением. В этой ситуации лучше всего поставить тире. Ср. примеры из художественной литературы: Гусев ей сказал, что уезжает далеко, но куда ― она не знала, спросить боялась. А. Толстой, Аэлита. Затем мы отправимся, но куда ― не скажу; во всяком случае, недалеко отсюда. А. Грин, Алые паруса. Искусство, конечно, развивается и шагает, может быть даже семимильными шагами, но куда ― не знаю. В. Некрасов, Взгляд и Нечто.
В этих предложениях обстоятельство цели, выраженное сочетанием существительных с первообразным (непроизводным) предлогом для. В справочниках по русской пунктуации, в частности в параграфе 74 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина, указано, что подобного рода обстоятельства факультативно «обособляются для попутного пояснения или смыслового выделения». Находясь, однако, в начальной позиции в предложении, они не могут ничего пояснять, тем более «попутно»; фона, на котором они могли бы быть выделены, также нет. Следовательно, обособлять обстоятельство в нашем случае нет оснований. Показательно, что в цитируемом параграфе приведены только такие примеры, в которых обстоятельство находится в срединной позиции в предложении.
В этой конструкции повторяющийся сочинительный союз то ли соединяет однородные придаточные части сложноподчиненного предложения с союзом чтобы (главная часть — она надела капюшон). В подобных случаях запятая между сочинительным и подчинительным союзом (союзным словом) не ставится: ...она надела капюшон. То ли чтобы укрыться от дождя, то ли чтобы скрыть улыбку. Сравним пример из пункта 5 параграфа 119 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: Глубокой осенью, собравшись вокруг костра, мы с удовольствием вспоминали, как недавно в этих местах мы собирали грибы и ягоды, и как приезжали к нам в гости друзья из города, и как всем было весело и беззаботно.
Использование аббревиатур в наименовании темы дипломной работы может быть уместным, если эти аббревиатуры общеприняты и широко известны в соответствующей профессиональной среде. Однако стоит учитывать несколько аспектов: 1. Понятность для широкой аудитории: Используемые аббревиатуры должны быть понятны не только специалистам узкого профиля, но и широкой академической аудитории. Если есть сомнения, лучше развернуть аббревиатуру или дать пояснение. 2. Требования учебного заведения. Обязательно нужно учитывать требования и рекомендации вашего учебного заведения по оформлению дипломных работ. Иногда университеты и институты могут иметь свои собственные правила относительно использования аббревиатур в темах работ. 3. Научный стиль. В научных текстах сокращения и аббревиатуры обычно поясняются при первом упоминании, особенно если они не являются общепринятыми или легко узнаваемыми.
Это очень непростой вопрос. Лингвисты, разумеется, кодифицируют ту или иную норму с опорой не только на действующие правила и языковые тенденции, но и на практику письма. Однако первична всё же теория, а не практика, если говорить коротко. Вот яркий пример — кодификация вариантов параолимпийский и паралимпийский в академическом орфографическом словаре:
параолимпи́йский и (офиц.) паралимпи́йский [изменено, ср. РОС 2012: параолимпи́йский]
паралимпи́йский (офиц.) и параолимпи́йский [добавление 2018].
Если обьяснять подробно, то ситуация такова: с точки зрения орфографических норм правильно только написание параолимпийский; однако официальные документы эту норму игнорируют, используя неверное написание паралимпийский, поэтому его тоже приходится фиксировать в словаре, но с пометой офиц.
Согласны с Вами: стоит выбрать вариант Приказ тайных дел. Такой вариант соответствует общему правилу о написании названий организаций: с прописной буквы в них пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Ср. другие исторические наименования различных ведомств, зафиксированные в академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН:
Верхо́вный та́йный сове́т (в России, 1726–1730)
Вре́менное прави́тельство (в России, 1917)
Госуда́рственная ду́ма (в России, 1906–1917)
Прави́тельствующий сена́т (в России, 1711–1917)
Та́йная канцеля́рия (в России, XVIII в.)
Тре́тье отделе́ние (гос. учреждение в России, ист.)
Новое предложение в этом случае всё же начинается сразу после закрытой кавычки. Нельзя не отметить, однако, что правила недостаточно четко регламентируют данную ситуацию, о чём подробнее см. в ответе на вопрос № 325853.
Добавим, что и оформление первого предложения, с двумя глаголами речи, каждый из которых вводит свой фрагмент высказывания и расположен перед этим фрагментом, представляет собой трудность: полностью аналогичных примеров в имеющихся справочниках не обнаруживается. Можно рекомендовать такой вариант: Он произносил: «Ну-с, молодые люди, чего вам угодно? — И шутливо добавлял: — Пару чая или по штофу водки?» Поняв, чего от него хотят «молодые люди», он быстро удовлетворял наше желание...
Корректно: братья Коэн, нет братьев Коэн. Выдержку из правил см. в вопросе 302171.
Писать фамилию надо так, как зафиксировано в паспорте. Правил написания фамилий не существует.