Запятая после ну не нужна.
В бессоюзном сложном предложении ставится двоеточие, если вторая часть имеет изъяснительное значение (между частями предложения можно вставить слово что): Ты же знаешь: он за тебя жизнь отдаст. Но можно здесь поставить и запятую. Окончательное решение принимает автор текста.
Запятой отделяется придаточное предложение от главного (что употребляется здесь в значении «которая»).
Определения мрачный и пустынный в общем случае характеризуют берег с разных сторон: мрачный говорит о производимом им гнетущем впечатлении, пустынный — об отсутствии на нём людей, животных, растений. Следовательно, запятая между ними не нужна. Другое дело, что второй из этих признаков тоже может производить гнетущее впечатление. Если требуется подчеркнуть это в художественном тексте, то определения можно счесть однородными и поставить между ними запятую.
Вводные слова не отделяются запятой от союзов, стоящих в начале предложения (см. параграф 95 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина): А по-вашему, что в стакан наливают?
Многоточие при передаче разговорной речи (а вопрос представляет собой разговорную конструкцию) отражает паузу. Оно будет излишним, если вопрос произносится без паузы, как это обычно бывает.
Перебежавший - форма глагола перебежать (причастие). Таким образом, отношения между единицами перебежать и перебежавший характеризуются как словоизменительные, а не словообразовательные.
Соответствующее собирательное числительное неупотребительно, используется количественное числительное (одиннадцать).
Запятая перед и поэтому нужна.
Эти слова могут выделяться запятыми, если передают добавочные, необязательные сведения, то есть выступают в роли присоединительного члена предложения.
В оригинале (стихотворении Саши Черного) запятые стоят.
