Правильно: в городе Харбине.

В приведенном примере вставная конструкция представляет собой придаточную часть, парные тире заменяют собой парные запятые: Он долго вглядывался в страницы, проверял всех незнакомых отправителей — которые, как он понял, были благодарными жителями Великобритании — и всех получателей.

Сравним случаи иного рода, которые приводятся, например, в примечаниях к параграфу 26.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: Он посмотрел на пепелище, которое окружало его, — какой ужас! — и руки бессильно опустились у него — запятая закрывает придаточную часть сложноподчиненного предложения; Он встал и, прихрамывая — он был на протезе, — подошёл к окну (Кав.) — вставное предложение примыкает к предшествующему деепричастию, и запятая ставится после всей этой конструкции; Я забрался в угол, в кожаное кресло, такое большое, что в нём можно было лежать, — дедушка всегда хвастался, называя его креслом князя Грузинского, — забрался и смотрел, как скучно веселятся большие (М. Г.) — запятая перед первым тире закрывает предшествующую придаточную часть, а запятая перед вторым тире закрывает деепричастный оборот в самой вставной конструкции.

Существительное день в предложном падеже действительно имеет именно такую форму: о дне, в дне, на дне. Предложения типа Мы будем на дне донора для разговорного стиля вполне нормальны.

Правильно: в журнале.

На наш взгляд, допустимо использовать слово мультирезервирование.

Вероятно, ненормативный характер носит проект, поэтому корректно: Департамент рассмотрел проект приказа Министерства, подготовленный в рамках исполнения мероприятия «АБВГД» внутреннего (локального) проекта и носящий ненормативный характер.

Да, можно сказать "костюм Санты".

Запятая ставится (обособляется сравнительный оборот).

Нет, в этом значении "проплыли" не используется.

Ударение в аббревиатурах обычно не ставят, разве что в некоторых словарях можно встретить ударения.