Сочетания нефтеперерабатывающий завод, швейная фабрика корректны. Вопрос о том, почему одни предприятия в русском языке называются заводами, а другие фабриками, в свое время (а именно в 1954 году) задавал С. И. Ожегову один из читателей его знаменитого толкового словаря. Сохранился ответ Сергея Ивановича читателю, который может служить ответом и на Ваш вопрос:

Наименование промышленного предприятия то фабрикой, то заводом связано с рядом исторических условий. Слово «фабрика» распространяется у нас со времени Петра I. В тех отраслях производства, в которых еще до Петра I имелась форма промыслового или промышленного предприятия, сохраняется название «завод». Такова, например, область металлургии, область производства, связанная с обработкой сельскохозяйственной продукции (кожевенный завод, современные консервный завод, хлебозавод и т. п.). Бумажное производство существовало до Петра I, но предприятия назывались «мельницами», а не «заводами», и со времени Петра I их стали звать «фабриками». Текстильное производство, как правило, не было организовано в форме предприятий, и со времени Петра I, когда появляются текстильные предприятия, они получают названия «фабрик». Исторические условия были, по-видимому, главным моментом, определившим различие наименований промышленных предприятий.

О слове контроль см. ответ на вопрос № 252391.

В официальных документах, включая заголовки приказов, рекомендуется при наименовании профессий, должностей и т. п. использовать существительные мужского рода, независимо от пола называемого лица. Корректно: Направить обучающегося Иванову Ольгу Петровну, О направлении на практику обучающегося. 

Прежде всего необходимо отметить, что в русском языке ударение не фиксированное (как, например, во французском, где оно всегда на последнем слоге, или в чешском, где всегда на первом). Нет в русском языке и правил постановки ударения, как, например, в испанском, где всё строго: место ударения зависит от конечного звука в слове, а в случае исключения на письме обязательно ставится знак ударения. Русское же ударение подвижное и разноместное, в разных словах (и даже формах одного слова) может падать на разные слоги. Аналогии и рассуждения «если правильно... то должно быть ...» к ударению в русском языке неприменимы, в спорных случаях надо обращаться к орфоэпическим словарям.

Что касается ударения в глагольных формах. Академическая «Русская грамматика» 1980 года выделяет 4 акцентных типа глаголов. Глаголы шуметь и звонить относятся к акцентному типу B, который характеризуется ударением на последнем слоге основы в прошедшем времени и на окончании во всех формах настоящего времени и повелительного наклонения: вы шумите, вы звоните; не шумите, не звоните. А глаголы рубить и ходить относятся к акцентному типу С, который характеризуется ударением в прошедшем времени на последнем слоге основы, в настоящем времени на окончании в 1 л. ед. числа и на основе в остальных формах; в повелительном наклонении ударение, как и в форме 1 л. ед. числа, – на окончании: рублю, рубишь, вы рубите, в повелительном наклонении: не рубите.

Затруднения со словом звонить возникают из-за того, что этот глагол тяготеет к акцентному типу С (т. е. к переходу ударения на основу). Это далеко не единственный случай в русском языке: такие слова, как варить, курить, крестить и др., раньше (в XIX в.) имели вариативные формы с ударением акцентных типов В и С: варишь, варят и варишь, варят. В современном русском языке однако нормативно только варишь, варят, т. е. ударение закрепилось на основе. Это естественный процесс изменения лексико-грамматической системы языка. Возможно, в будущем такой процесс произойдет и со словом звонить (что вовсе не следует воспринимать как «деградацию» языка), однако пока нормативным признается только ударение на окончании. Как пишет «Русская грамматика»: «Употребление глагола звонить с ударением акцентного типа С – предмет обсуждений и споров. Однако нормальным литературным ударением для всех значений этого глагола остается ударение звонишь, звонят и т. д., т. е. по акцентному типу В».

В большинстве нормативных словарей современного русского языка отмечается, что ударение на суффиксе для глагола шмыгну́ть нормативно во всех его значениях. При этом словари разговорной речи (напомним, что они не относятся к нормативным) фиксируют устойчивое выражение шмы́гнуть носом. Похоже, что этот вопрос требует дальнейшего исследования. 

См. ответ на вопрос № 251090.

Для постановки запятой в этом предложении нет оснований: Работы проходили на участке протяженностью 5 км.

Корректно: Мы называем их именно этим именем, несмотря на то что они...

Запятая перед или не нужна.