Ваш вариант пунктуации возможен. Если обстоятельство за этой башней является общим, т. е. Нижние ворота, как и башня Нижних решеток, находятся за первой из названных башен, то запятая перед союзом и на границе частей сложного предложения не нужна. Если же нет, то запятую нужно поставить.

Несоответствие связано с происхождением слов. Диффузия восходит к латинскому diffusio и попало в русский язык через посредство немецкого (Diffusion) и/или французского (diffusion). Родственный глагол диффундировать (он означает 'проникать, смешиваться путем диффузии; самопроизвольно распространяться во все стороны') также заимствовано из латыни (diffundere) через немецкий (diffundieren).

Ваше предположение верно. Только ц не превращалось в с в этом слове. Лингвисты полагают, что слово паяц было заимствовано дважды. Сначала – из французского языка, в форме паяс (откуда и паясничать), которая соответствует французскому произношению. Позднее форма паяс была вытеснена формой паяц, восходящей к итальянскому языку.

Запятая нужна: отделяется придаточное предложение. Ваша ошибка – в смешении двух разделов правил: знаки препинания в сложноподчиненном предложении и знаки препинания при сравнительных оборотах (не выделяется запятыми оборот со сравнительным союзом как при передаче значения 'в качестве' или если оборот имеет значение обстоятельства образа действия).

Словарная фиксация: мясо-костный. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012. Такое написание соответствует правилу: пишутся через дефис прилагательные, образованные из двух или более основ слов, обозначающих равноправные понятия (мясо и кости).

В словарях такое значение не отмечено. Понятно, что оно вытекает из основного: если что-то раздражает, то и не нравится (вряд ли может раздражать то, что нравится). Но при этом компонент значения 'раздражать, приводить в нервное состояние' обязателен, нельзя утверждать, что нервирует – это просто 'не нравится'.