Верно: было положено начало (чему?) большой работе.

Оба варианта правильны, но вариант консультант по вопросам питания имеет некоторый канцелярский, официальный оттенок. Для живой речи характерно скорее Мой консультант по питанию посоветовал, чем Мой консультант по вопросам питания посоветовал...

Оба варианта — защита по «сухому ходу» и защита по «сухому» ходу — могут быть корректными, решение зависит от контекста. Если сухой ход рассматривается как единое понятие или термин, то кавычки можно ставить вокруг всего выражения: «сухому ходу». Если же выделяется именно слово сухой, то уместно оставить кавычки только вокруг него.

Верно: по реке Сене.

Верно: по процедурам (каким?), установленным нормативно-техническими документами.

Верно: по моем прибытии. Предлог по в значении 'после' требует предложного падежа.

Название Автово давно освоено русским языком, оно подчиняется общим правилам и склоняется в образцовом литературном стиле: в Автове, из Автова. Несклоняемый вариант (в Автово, из Автово) допустим в непринужденной устной речи.

Различия есть: в предложении С учёбой (—) беда слово беда имеет значение 'плохо, скверно' и близко по функции к словам категории состояния (аналогично обстоит дело со словом засада в предложении С контрольной (—) засада), а в предложении С дедушкой (—) беда слово беда употреблено в значении 'несчастье, горе' и выполняет функцию подлежащего в эллиптическом предложении (самостоятельно употребляемом предложении с отсутствующим сказуемым). В эллиптических предложениях тире ставится при наличии паузы и не ставится при её отсутствии. Что касается случаев первого типа, то пунктуация в них не кодифицирована, но, как представляется, здесь можно действовать аналогичным образом: ставить или не ставить тире в зависимости от паузы.

Слово самса склоняется, при этом в косвенных падежах этого слова ударение падает на окончание.

После подлежащего жизнь на месте пропущенного сказуемого возникает естественная пауза, которую уместно обозначить с помощью тире.