Существительное этап требует предлога на: на первом этапе.

Нет, такое употребление некорректно. Почти – 'так, что немного недостаёт до чего-либо'. О 72 %, 73 % можно было бы сказать «почти три четверти», но 76 % – это уже больше, чем три четверти.

Правильно: книга Иванова; автор книги – Иванов.

1. Слитное написание корректно.

2. Верно: ...что-то я рано заизвинялся.

Слова "тем не менее" не используются как вводные.

ТЕМ НЕ МЕНЕЕ, частица и союз

1. Частица (часто в сочетании с противительными союзами «а», «но», а также в предложениях с союзами «хотя», «несмотря на то что», «пусть» и др.). Не требует постановки знаков препинания. 

Мюллер долго наблюдал за тем, как медленно, еле заметно, но тем не менее неуклонно лучи двигались по комнате. Ю. Семенов, Экспансия-I. Несмотря на то, что Ягозин был кровным детищем Петербурга… он весь тем не менее состоял из одной быстроты и юркости. Д. Григорович, Карьерист.

2. Союз (между частями сложносочиненного предложения). То же, что «но, однако». 

…Это были все-таки карты, несколько захватанные, затертые пальцами по краям, тем не менее невозможно было представить, что в них играли за столом... Ю. Бондарев, Горячий снег.

Лефортово – русский (а значит, славянский) топоним, образованный от неславянской фамилии.   

Вы правы, с точки зрения русского языка сочетания исполнять полномочия и исполняющий полномочия некорректны. Несмотря на это, они зафикисированы в некоторых официальных документах, в частности Федеральном законе «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации».

Приведенная Вами фраза некорректна, хотя союзное слово который может быть отделено от слова, к которому относится придаточное предложение. Придаточное может примыкать к слову с определением в постпозиции, например: Левинсон обвел молчаливым, влажным еще взглядом это просторное небо и землю, сулившую хлеб и отдых, этих далеких людей на току, которых он должен будет сделать вскоре такими же своими, близкими людьми, какими были те восемнадцать, что молча ехали следом. Второстепенный член предложения может стоять в начале придаточной части: Валерия – так звали девушку, от тоски по которой я сбежал из деревни в Москву. 

Пунктуация верна.