Запятая ставится перед тире, если того требует структура предложения.
Запятая и тире в качестве единого знака препинания могут ставиться в сложноподчиненных предложениях, бессоюзных сложных предложениях, между частями сложносочиненных предложений, а также в периоде (как правило, многочленном сложном предложении, в интонационном отношении распадающемся на две части — повышение и понижение). Подробно об этом рассказывается в соответствующих разделах «Справочника по русскому языку» Д. Э. Розенталя.
Корректно: Я считаю, что, несомненно, расследовать надо.
Это предложение нельзя назвать предложением с пропущенным компонентом. Расставляя в нем знаки препинания, необходимо сначала определить структуру предложения «на макроуровне»: простое оно или сложное? Предложение сложноподчиненное, части соединяются союзом что. Перед союзом ставим запятую. Далее рассматривается каждая часть отдельно. Первая ничем не осложнена – знаки внутри ее не нужны. Вторая содержит вводное слово несомненно. Оно требует обособления.
Рекомендации не ошибочны. Действительно, наречие особенно обособления не требует (см. «Справочник по пунктуации»). В приведенном Вами вопросе убрать запятые не было предложено, потому что их постановка возможна: обстоятельства, выраженные наречиями (одиночными или в сочетании с зависимыми словами), могут обособляться с целью смыслового выделения или попутного пояснения. Таким образом, автор вправе поставить запятые, если хочет подчеркнуть слово особенно, обратить на него внимание читателя.
Обратите внимание на формулировку: «чаще всего». Действительно, фамилии, совпадающие с нарицательными существительными, личными именами и географическими названиями, часто не склоняются: у их носителей, да и у редакторов (корректоров) текстов возникает желание не склонять подобные фамилии, чтобы отличить их от соответствующих нарицательных слов, имен или топонимов. Однако можно говорить лишь о допустимости несклонения этих фамилий, поскольку грамматическая норма русского языка требует такие фамилии склонять.
Предложение построено неудачно. Во-первых, сочетание закончить институт неправильно. Верно: окончить институт. Во-вторых, глаголы поступить и окончить по-разному присоединяют к себе существительное: поступить (во что?) в институт, окончить (что?) институт. Несогласованное определение экономист не требует отделения от определяемого слова знаком тире. Возможен такой вариант: С 1986 по 1991 г. обучалась в Алма-Атинском институте народного хозяйства по специальности «финансы и кредит». Присвоена квалификация «экономист».
Не пишется раздельно при противопоставлении, которое выражено союзом а (напр.: не дорогая, а дешевая ткань): здесь один признак отрицается, а второй утверждается. При союзе но нет противоположных друг другу понятий, они вполне совместимы, т. е. предмету одновременно приписываются два признака без отрицания одного из них: недорогая, но качественная (= ткань недорогая, но при этом качественная). Такая конструкция не требует замены слитного написания раздельным.
Обстоятельство незаметно для себя как таковое не требует обособления, однако в параграфе 77 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина указано, что обстоятельства, выраженные наречиями (с зависимыми словами или без них), могут обособляться «для смыслового подчеркивания»; сравним один из приведенных там примеров: И вот, неожиданно для всех, я выдержал блистательно экзамен… (Купр.).
Наречие фактически не требует постановки знаков препинания. Поскольку в предложении оно находится между однородными подлежащими Миша и Вова с одной стороны и сказуемым братья с другой, тире в предложении не ставится (см. пункт 7 параграфа 15 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Миша и Вова фактически братья, так как с раннего детства росли вместе.
Шумные звонкие согласные на конце слов, согласно орфоэпическим нормам русского языка, оглушаются вне зависимости от происхожения слова (см., например, Н. Ю. Шведова (гл. ред.). Русская грамматика. Т. 1. М., 1980; Р. И. Аванесов. Русское литературное произношение. М., 1984). Иностранное название можно произнести с сохранением его исходного фонетического облика, если этого требует ситуация, но такое произнесение будет находиться за рамками фонетической системы русского языка.
В русском языке титулы принц, герцог, граф и т. д. в общем случае пишутся со строчной буквы. Порядок слов в официальных наименованиях титулов закреплен и не подразумевает инверсии: принц Уэльский не то же самое, что уэльский принц. Словосочетание французский император пишется со строчной буквы, поскольку оно не является официальным титулом. В художественном произведении автор может употреблять прописные буквы, если этого требует художественный замысел.
