Запятая не нужна: части объединены общим элементом — вводным сочетанием таким образом.
Все три варианта корректны, и выбор одного из них зависит от стиля текста.
В который — союзное слово, член придаточного предложения. Для того чтобы выяснить, какой это член, нужно подставить на его место то существительное, вместо которого оно употреблено. В который употреблено вместо в лес. Соответственно, в придаточном имеем: я вошел (куда?) в лес (= в который). Перед нами обстоятельство места. Предлог в, естественно, входит в его состав, ведь в + П. п. (в лес, в класс, в город) — это, как и со всеми предлогами, единая предложно-падежная форма имени.
Корректно: был получен 2 255 691 медицинский документ.
Лучше считать выше достояния целиком обстоятельством, потому что само по себе наречие выше (в форме сравнительной степени), употребленное в переносном значении, обстоятельством быть не может.
См. значения этих слов в словарях, размещенных на нашем сайте.
В этих предложениях ошибок нет.
В некоторых словарях контузить описывается как двувидовой глагол — то есть он может употребляться и как глагол совершенного вида, и как глагол несовершенного вида. Формы этого глагола пишутся по тому же правилу, что и отглагольные прилагательные и причастия от глаголов несовершенного вида: контуженый боец и контуженный в голову боец (ср.: крашеные скамейки и крашенные зеленой краской скамейки).
Запятая не нужна. Причастный оборот, стоящий после определительного местоимения всё, образует с ним единую группу и не обособляется. См. параграф 50 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.