Если нет необходимости подчеркнуть, что исполнителей было много, то нужно выбрать форму ед. числа, например: 39 проектов подготовлены к защите в пяти институтах и 39 проектов подготовлено к защите.
Прямая речь достаточно автономна по отношению к словам автора, чтобы не применять к этому случаю правило об общей части бессоюзного сложного предложения. Запятая перед и внутри прямой речи нужна.
Об оформлении списков можно прочитать, например, в книге А. Э. Мильчина "Справочник издателя и автора". Некоторые идеи из этой книги изложены здесь: 77">http://gramota.ru/spravka/letters/?rub=rubric77
В именительном падеже ед. числа варианты парафраз (мужской род) и парафраза (женский род) равноправны. Поэтому в родительном падеже мн. числа возможны варианты парафразов (от парафраз) и парафраз (от парафраза).
Первая придаточная часть усечена до одного союзного слова (почему), поэтому не обособляется. Перед второй придаточной частью запятая ставится по общему правилу: Не знаю почему и не знаю, что делать.
Так как мы не знаем, о какой системе идет речь, можем дать только общую рекомендацию: запятыми выделяется оборот с союзом или, если он имеет пояснительное значение (или = то есть).
Если предлог по используется при обозначении действия, события, после которого что-либо совершается, происходит, то он употребляется с существительными в предложном падеже: по окончании, по прибытии, по прилете, по приезде.
Корректно: в ед. ч. Р. Гамалеи, Д./П. Гамалее, В. Гамалею, Т. Гамалеей; во мн. ч. И. Гамалеи, Р. Гамалей, Д. Гамалеям, В. Гамалей, Т. Гамалеями, П. о Гамалеях.
В соответствующей статье "Википедии" не указан источник информации об ударении. Скорее всего, автор просто допустил ошибку.
Обратите внимание, что в слове гофрирование ударение падает на а (не на о).
Правилен первый вариант. После числительных два, три, четыре, а также составных числительных, заканчивающихся на два, три, четыре (например: 22, 73, 294), существительное ставится в форму род. падежа ед. числа.
