Сочетание глубокие недра не является плеоназмом. Оно употребляется и в художественной, и в научной литературе: Тут бог знает из каких глубоких недр вылезают наружу старые, заржавленные, давно забытые предрассудки (А. Куприн); Их используют для объяснения процессов, происходящих в земной коре и в глубоких недрах земли, а также для изучения минералообразования (Журн. «Наука и жизнь»)

Написание стоющий недопустимо в современном русском языке. Словарь Даля был составлен в XIX веке, он изначально не задумывался составителем как нормативный словарь, тем более он не может служить источником сведений по современной русской орфографии. 

На обыденном уровне в таких перечислениях прочитывается логическое «или», ведь реконструкция — более серьезное «вмешательство», нежели капитальный, а тем более текущий ремонт. Если бы устранение физического износа зданий и сооружений могло выполняться только путем реконструкции, то зачем упоминать в тексте какие-либо виды ремонта?

Конечно, доля двусмысленности здесь есть, избавиться от нее можно с помощью повторяющегося разделительного союза: ...устранение физического износа зданий, сооружений выполняется путём либо текущих ремонтов, либо капитальных ремонтов, либо реконструкции.

Словарной фиксации пока, разумеется, нет. Но, например, образованное тем же способом слово пиццерия, уже давно существующее в языке, дается в словарях с двумя вариантами ударения: пиццЕрия и пиццерИя, т. е. пока эти варианты конкурируют. Поэтому по аналогии можно говорить о допустимости вариантов сидрЕрия и сидрерИя, а какой из них в итоге останется в языке – покажет время.

Можно ответить так. Дефисное написание нарушает орфографическую норму, т. к. штрихкод – сложносокращенное слово (от штриховой код), а такие слова по правилам русского правописания пишутся слитно. Но слово это не так давно в русском языке, а новые слова нередко испытывают колебания в написании, что фиксируется словарями. Поэтому *штрих-код далеко не такая же орфографическая ошибка, как, например, *лесница или *деревяный.

Падеж зависит от того, какая формулировка использована в начале документа. Если дополнительное соглашение заключили..., тогда далее корректно использовать именительный падеж: Колобкова Наталья Михайловна с одной стороны и Носова Марина Сергеевна с другой. Если документ начинается со слов дополнительное соглашение заключено между..., то корректно использовать творительный падеж: Колобковой Натальей Михайловной с одной стороны и Носовой Мариной Сергеевной с другой.
 

Начальное число - 3, конечное - 6. Для уточнения можно использовать слово "включительно".

Да, верно: фотографии из поездки.

Обособление факультативно. Подробнее см. в «Справочнике по пунктуации».

Корректно: из жилмассива, в жилмассиве.