Корректная пунктуация: ...и тут возникают вопросы: следует ли скачивать эту книгу или же (стоит) ограничиться только ссылкой на ресурс? Слово вопросы не является обобщающим.

Обратите внимание: неясно, почему слово вопросы стоит в форме множественного числа, а за ним следует только один вопрос.

Запятые нужны.

В форме объяснять основа объясня- и формообразующий суффикс ть. Основа членится на приставку, корень и суффикс: объ/ясн/я-.

О принципах морфемного разбора можно прочитать в учебнике Е. И. Литневской «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников». 

Внутри предложения никакие знаки препинания не нужны, в том числе запятая перед и.

Между подлежащим, выраженным личным местоимением, и сказуемым, выраженным формой именительного падежа существительного, знаки препинания не ставятся. Обратите внимание: дефис – это короткая черточка, которая соединяет части слова, присоединяет одиночное приложение к определяемому слову (по-моему, естественно-научный, шито-крыто, писатель-фантаст); тире – длинная черта, она может ставиться между подлежащим и сказуемым при некоторых условиях, например, когда подлежащее и сказуемое выражены существительными в им. пад. (Москва – столица России).

В сложносочиненном вопросительном предложении с союзом и запятая между частями не ставится.

Это предлог.

Пунктуация верна. Однако в третьем предложении, на наш взгляд, более подходящим знаком является тире. Однородные компоненты объявляет арестанта преступником и выносит смертный приговор по смыслу подчинены сочетанию идёт против своей совести, они показывают, что именно совершает прокуратор против совести. Эту смысловую подчиненность, пояснительный характер компонентов можно показать знаком тире.

Запятые стоят верно.

Это подлежащее, местоимение стоит в именительном падеже.

Нужна запятая перед приехав.

Запятая факультативна (необязательна). Подробнее о факторах, влияющих на обособление оборотов с предлогом в связи с, см. в «Справочнике по пунктуации».