Трудности с определением родовой принадлежности возникают у нас только в том случае, если существительное несклоняемое. Не вызывает сомнения принадлежность слова Алтай к мужскому роду: это название склоняется как обычное имя существительное второго (по школьной грамматике) склонения типа чай, сарай и т. п., поэтому мы сразу определяем его как слово мужского рода (род существительного, являющегося родовым понятием, – республика – не имеет в данном случае никакого значения, ср.: Москва – существительное женского рода, хотя город – существительное мужского рода).

А вот в том случае, когда географическое название – несклоняемое существительное, его род (в большинстве случаев) определяется по грамматическому роду нарицательного существительного, выступающего в роли родового понятия. Коми, действительно, существительное женского рода (определяем по слову республика), правильно: Золотая Коми. Ср.: Капри – мужской род (остров),  Дели – мужской род (город), но: Миссури – женский род (река).

SantaMariadelFiore.jpg" width=134 align=left border=0>Правильно дефисное написание. В нашем издании справочника А. Э. Мильчина зафиксировано: названия церквей и соборов с элементами Сан-, Санта-, Сент- пишутся с прописной буквы через дефис (см.: А. Э. Мильчин, Л. К. Чельцова. Справочник издателя и автора. М., 2003. С. 80). Такая же рекомендация приведена и в «Русском орфографическом словаре» РАН:

Сан-... - первая часть геогр. и др. наименований, пишется через дефис, напр.: Сан-Марино (государство), Сан-Ремо, Сан-Сальвадор, Сан-Себастьян, Сан-Диего, Сан-Хосе (города), Сан-Паулу (город и штат), Сан-Карло (собор и театр)

Санта-... - первая часть геогр. и др. наименований, пишется через дефис, напр.: Санта-Крус (город, остров, река, провинция), Санта-Барбара, Санта-Клара, Санта-Мария (города), Санта-Лючия (поселок), Санта-Кроче (церковь)

То же в названиях церквей, храмов, состоящих из нескольких слов: Санта-Мария дель Фьоре, Санта-Мария делле Грацие, Сан-Пьетро ин Винколи и др.

Здесь возможны варианты пунктуации в зависимости от интонации и авторского замысла. Слова к родственникам могут быть отделены запятой, если они используются для попутного пояснения и отделяются интонационно.

Правильно: в Москве; в г. Москве, в городе Москве. Последние два варианта следует характеризовать как специфически-канцелярские, то есть употребительные преимущественно в официально-деловой речи. Варианты в г. Москва, в городе Москва не соответствуют литературной норме.

Правило таково: географическое название, употребленное с родовыми наименованиями город, село, деревня, хутор, река, выступающее в функции приложения, согласуется с определяемым словом, то есть склоняется, если топоним русского, славянского происхождения или представляет собой давно заимствованное и освоенное наименование. Правильно: в городе Москве, в г. Санкт-Петербурге, в городе Владивостоке.

Обычай не склонять географические названия укоренился в профессиональной речи военных и топографов и под влиянием этого профессионально-терминологического языка широко распространился в современной речи, однако нормой его считать нельзя.

Подробно о склонении географических названий и об употреблении перед названиями городов сокращения г. и слова город см. в «Письмовнике».

Географическое название, употребленное с родовыми наименованиями город, село, деревня, хутор, река и др., выступающее в функции приложения, согласуется с определяемым словом, то есть склоняется, если топоним русского, славянского происхождения или представляет собой давно заимствованное и освоенное наименование.

Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают.

Кроме того, обнаруживают тенденцию к несклоняемости приложения-топонимы среднего рода, оканчивающиеся на -е, -о (с родовым словом): между селами Молодечно и Дорожно.

Топонимы славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, не склоняются в сочетании с родовым словом. Подробнее см. в "Письмовнике".

Таким образом, верно: в городе Полярном, в городе Кириллове, в городе Бабаево, в селе Ферапонтово, в селе Хвалевском, в селе Спасское-Куркино.

Если родовое слово сокращено до г. или с., правила те же, что и со словами город и село.

Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, если род этого слова не совпадает с родом топонима (на сочетания со словом город это правило не распространяется). Село среднего рода, деревня – женского, а Парижск – мужского. Поэтому: в селе Парижск, в деревне Парижск. Ср.: в селе Михайловском, в деревне Ивановке.

Названия стран, даже вымышленных, в кавычки не заключаются. Рекомендуем вторые кавычки не ставить.

Вот цитата из "Письмовника". Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают: на реке Енисей, у реки Хопёр, в деревне Парфёнок (однако это замечание не относится к сочетаниям со словом город, поэтому правильно: в городе Туле, из города Москвы).

Поэтому верно: в поселке Знаменка.

За последние десятилетия появилась устойчивая тенденция не изменять исходной формы названия населенных пунктов на -ов(о), -ев(о), -ин(о), -ын(о), если они употреблены в качестве приложения, вместе с родовым наименованием. Правильно: в городе Ярцево. Если же родового слова нет, правильны оба варианта, склоняемый и несклоняемый: в Ярцеве и в Ярцево.

Вы написали правильно: за Краковом. В этом можно убедиться, воспользовавшись «Словарем собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко или «Письмовником» (рубрика «Пушкиным или Пушкином?»).