Слово путем фиксируется в словарях и грамматиках как производный отымённый предлог, а слово методом — нет. Это связано с тем, что форма существительного путем в конструкциях с последующим род. падежом в большинстве контекстов:

1)  утратила лексическое значение, свойственное существительному путь и используется для выражения значения абстрактного отношения между главным словом и зависимой формой родительного падежа: подтвердить (главное слово) путем референдума (зависимое слово); сформировать (главное слово) путем выборки (зависимое слово) и т. п.

2) при выражении абстрактного значения отношения теряет морфологические признаки существительного (не может изменяться по числам и падежам);

3) не является самостоятельным членом предложения, входит в предложно-падежную конструкцию вместе с последующей формой род. падежа.

Например:

Модель может быть расширена путем добавления новых элементов.

Модель может быть расширена путем добавления новых элементов и замены деталей корпуса.

Словоформа методом сохраняет значение существительного метод и способность к словоизменению, является самостоятельным членом предложения, а по отношению к последующему род. падежу выступает в качестве главного слова в словосочетании.

Состав наносплава определяли методом просвечивающей микроскопии.

Состав наносплава определяли методами просвечивающей и сканирующей микроскопии.

Для сравнения приведем контекст, в котором словоформа путем остается существительным (не является предлогом), так как сохраняет значение существительного путь и выполняет функцию члена предложения:

У нас появилась уникальная возможность попасть на озеро Байкал путем первооткрывателей.

Пунктуация корректна.

Нет, запятые не нужны.

В случае если дополнение при переходном глаголе с отрицанием выражено отвлеченным существительным, оно обычно используется в форме родительного падежа: Переоформления договоров с использованием нового наименования организации не требуется.

Однако это не строгая рекомендация.

Поскольку прямая речь заканчивается вопросительным знаком, точка после кавычек не ставится.

 См. ответ № 195581.

Вероятно, Вам могли рассказывать о предположительной этимологии фамилии, описанной в словаре «Русские фамилии» Ю. А. Федосюка: 

МУСОРГСКИЙ. Родоначальником знаменитого композитора М. П. Мусоргского был Роман Васильевич, по прозвищу Мусoрга. В фамилии ударение изменилось. «Мусyргос» по-гречески – певец, музыкант. Не отсюда ли прозвище предка, как нельзя лучше оправдавшее себя в фамилии потомка?

Ваши сомнения оправданны. На первый взгляд может показаться, что недочитать и не дочитать означают одно и то же и достаточно одного раздельного написания. Однако есть контексты, которые подтверждают правильность фиксации в словаре слова недочитать, позволяют почувствовать специфические оттенки значения, отличающие недочитать от не дочитать. 

Если не прочитать это произведение, многое в поэзии Дорожкиной можно недочитать, недочувствовать, недопонять, а самого автора недолюбить.

И эту жизнь надо прожить достойно, потому что обещали тем, кто недомечтал, недочитал, недоучил, не дожил.

Возможно, потому, что им самим в детстве недочитали сказок родители.

Поэтому лучше перечитать, чем недочитать.

В этих предложениях нет значения прерванного, не доведенного до конца процесса чтения (ср. с не дожить из примера выше), здесь недочитать имеет значение 'читать мало, недостаточно' и раздельное написание невозможно.

При наличии родового слова и постановке названия в форму именительного падежа ккавычки нужны: заклинание "Огненный шар", но заклинание Огненного шара.