Глагол отказаться здесь употребляется в начальной форме, то есть он не стоит ни в каком времени.

Правильно: притом, союз (он работает и притом учится), но местоим. при том (при всём при том).

Такой перенос возможен, он не нарушает ни одного из правил переноса. Другие возможные переносы: ком-пьютер, компью-тер.

Деепричастный оборот может входить в состав придаточной части, но в приведенном примере он находится в главной.

В таких конструкциях повтор предлога не является обязательным, однако нет и запрета на такой повтор. 

Предлог повторяется:

• если однородные члены соединены повторяющимися союзами: [Наталья] с жадностью вслушивалась и в бесхитростные песни жаворонков, и в скрип колодезного журавля, и в шелест напитанного полынной горечью ветра (Шолохов);
• если однородные члены соединены сопоставительными союзами: Он дрался и буянил не столько для собственного удовольствия, сколько для поддержания духа своего солдатства (Л. Толстой);
• если нужно показать, что предшествующее определение относится только к ближайшему однородному члену: выслушать с большим вниманием и с сочувствием;
• если отсутствие предлога может вызвать неясность в понимании предложения: учебники по литературному редактированию и по литературе;
• при отдаленной смысловой связи между однородными членами: Пришлось много ездить по Украине, по степям Казахстана, по сибирской тайге (слова не входят как видовые понятия в ближайшее родовое понятие);
• при значительном распространении однородных членов пояснительными словами: Пыль толстым слоем лежала на письменном столе, обитом зеленым сукном, на кожаном диване с широкой спинкой, на старом вольтеровском кресле.
• перед группами однородных членов, образуемыми близкими по значению словами: … За нею с кувшином, медным тазом, с простынями и губкой шла ее кухарка Ольга (Чехов).

Невозможен пропуск разных предлогов; ср.: на предприятиях и в учреждениях. Предлог обычно не повторяется в целях благозвучия: Плоты с кричавшими мужиками, с гомоном и стуком стали уходить вверх по реке (Серафимович).

Глаголы "присутствовать", "находиться" и "числиться" различаются в первую очередь смысловыми оттенками, в конечном счете выбирать Вам исходя из требуемого содержания. Если в Вашем случае нельзя избежать использования слов "в подведомственности", то следует просто руководствоваться толковым словарем. Обратите внимание на синонимические ряды (приводим синонимы только для актуальных значений): присутствовать = иметься, наличествовать; находиться = располагаться, быть, пребывать; числиться = "иметься у кого-либо или быть в каком-либо состоянии согласно записи, документу и т. п.". Просим также обратить внимание на то, что глагол "присутствовать" в указанном значении вполне корректно сочетается с неодушевленными существительными.

Кстати, сочетание "подразделение организации находится на территории, подведомственной определенному налоговому органу" кажется нам более удачным. Может быть, так и оставить?

Запятую в таких случаях рекомендуется не ставить, т. к. слова не позднее / позже чем не используются для сравнения или сопоставления, их можно заменить обычными наречными выражениями самое позднее, в крайнем случае, ср: уведомить самое позднее за день.

Запятая перед чем ставится в том случае, если слова не позднее / позже чем выражают сравнение или сопоставление, например: В губернаторском доме узнали о предстоящей смерти губернатора не раньше и не позже, чем в других местах, и отнеслись к ней со странным равнодушием. Л. Андреев, Губернатор. Он выписывал журналы из Парижа, и самоновейшая прическа становилась ему известной на пятый день, не позднее, чем в Петербурге. С. Липкин, Записки жильца.

Пунктуация верна. Чем читать об этом — сравнительный оборот.

Во фразеологизмах, устойчивых выражениях и пр. — не ставится запятая.
Это связано с тем, что фразеологизмы и устойчивые выражения являются семантически цельными, то есть их значение не зависит от значений составляющих их слов.