В текстах такого типа знаки препинания возможны, однако точка с запятой представляется слишком сильным знаком, поэтому предпочтительнее поставить запятые. 

Корректно: Федеральное государственное унитарное предприятие «Электромеханический  завод "Звезда"». В названии службы с прописной буквы нужно писать только первое слово.

Главный редактор прав. Верно: при заводе, строящем... Это форма предложного падежа. В творительном падеже окончание -им: с заводом, строящим...

Если рассматривать такие названия как товарные знаки, то их следует писать с большой (прописной) буквы и заключать в кавычки.

Поскольку филиал — это подразделение компании, писать это слово с прописной буквы нет оснований: директор филиала в г. Москве.

Без конкретных примеров Ваш вопрос не очень понятен, но по общему правилу нарицательные существительные в составных географических названиях пишутся с прописной буквы, если они употреблены не в своем обычном значении. Например: Ясная Поляна; Музей-усадьба Л. Н. Толстого «Ясная Поляна».

Имена прилагательные с суф. -ин, -ын, имеющие значение «принадлежащий тому, кто назван мотивирующим словом», называются притяжательными. Это такие слова, как мамин, сестрин, материн, бабушкин, ведьмин, дядин; Иринин, Татьянин, Володин, Колин и т. д.

Такие притяжательные прилагательные в русском языке могут изменяться двояким образом – по местоименному склонению и по притяжательному склонению.

Большая часть притяжательных прилагательных с основой на -ин, -нин изменяется по местоименному склонению, образуя формы родительного и дательного падежа ед. числа мужского и среднего рода с помощью падежных окончаний прилагательных, а не существительных. То есть: мамин день рождения – до маминого дня рождения, к маминому дню рождения; Танин брат – Таниного брата, к Таниному брату.

Но такие прилагательные могут изменяться и по притяжательному склонению: до мамина дня рождения, к Танину брату. Грамматически эти формы верны, но они уходят из языка. «Образование падежных форм у притяжательных прилагательных на -ин, -нин по притяжательному склонению является устаревшим, – отмечает академическая «Русская грамматика» (М., 1980). – Оно закрепилось за прилагательными, входящими в состав географических названий, наименований местностей, названий растений и цветов: Канин Нос (название полуострова); Машкин верх (Л. Толст.); венерин башмачок (растение); а также за прилагательными, входящими в состав устойчивых сочетаний: шемякин суд, тришкин кафтан, сюда же устар. ильин день, фомин понедельник, троицын день».

Итак, в свободных сочетаниях правильно: до маминого дня рождения, к Таниному брату (предпочтительный вариант) и до мамина дня рождения, к Танину брату (грамматически верное, но устаревшее употребление). Но: реконструкция Татьянина родника (прилагательное в составе названия), также: тришкина кафтана, шемякина суда (устойчивые выражения).

Подробнее о склонении притяжательных прилагательных см. в «Русской грамматике».

Обособление не требуется: Для определения уровня знаний и подбора соответствующей группы по прибытии на Мальту мы совместно с языковой школой...