Следует поставить запятую в конце причастного оборота, а после нее - тире: Российский Дальний Восток, именуемый с 2000 г. Дальневосточным федеральным округом (ДФО), - самый большой по площади регион РФ.

Мы также считаем, что прилагательное высоковероятно следует писать слитно (по аналогии с другими подобными прилагательными).

Знаки препинания нужно расставить так: В целях получения информации об оплате услуг ЦКДЛ просим Вас производить отдельным платежным поручением перечисления заработанных средств ЦКДЛ с указанием, на основании каких актов, за какую медицинскую организацию поступают денежные средства.

Да, Вы правы. Если цитата синтаксически связана с авторским текстом, первое слово цитаты пишется, как правило, со строчной буквы, при этом двоеточие не ставится: Как писал Арановский, «дефицит...». Или следует оформлять цитату так: Арановский писал: «Дефицит...»

Верны оба варианта: ценны и ценны. При этом вариант с ударением на первом слоге более предпочтителен. 

Вряд ли можно говорить об изменении семантики данного слова – скорее, о его неправильном употреблении.Такое нередко происходит с книжными словами: говорящие стремятся украсить ими речь, но при этом плохо представляют себе значение слова. Можно привести еще один пример подобного неверного употребления: книжное слово нелицеприятный очень часто используется в значении 'недоброжелательный по отношению к кому-либо', хотя на самом деле значение этого прилагательного – 'беспристрастный'.

В первом предложении парные тире выделяют пояснительную конструкцию, во втором — вставную, они допустимы. Обратите внимание, что во втором предложении слово наоборот вводное. В третьем предложении предпочтительно двоеточие, запятая перед сочетанием с использованием обычной кухонной утвари и ванн нужна, потому что этот оборот уточняет обстоятельство «на коленке». В четвертом предложении тире нужно, поскольку имеется противопоставление двух именных сказуемых.

Действительно, подобные примеры в справочниках не приводятся. Здесь можно рекомендовать следовать общему правилу выделения вводных конструкций. В параграфе 93 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.) приводится пример: В иных озерах (например, в Черненьком) вода напоминает блестящую тушь (Пауст.). Полагаем, что иной способ оформления вставной конструкции в этом предложении — с помощью тире, а не скобок — не повлияет на постановку знаков препинания при вводном слове: В иных озерах — например, в Черненьком — вода напоминает блестящую тушь. 

Судя по описанию, Вы слово мацури используете как название регулярно повторяющегося мероприятия – фестиваля. В этом случае его не нужно выделять никаким образом. Оснований для постановки кавычек, написания с прописной буквы или курсивом нет.