Писать нужно в соответствии с предписаниями словарей и правил. По правилу сложносокращенные существительные пишутся слитно, см., например, здесь. В академическом орфографическом словаре для части мед- есть отдельная словарная статья, где говорится то же применительно к конкретной части. Более подробно здесь. Удвоение буквы д не препятствует правильному написанию, ср. с зафиксированным в академическом орфографическом словаре словом меддезинсекция.

Корректно: в 1990–2000-е годы.

Вряд ли можно говорить в данном случае о приоритете орфографического словаря, потому что речь идет не об орфографии слова, а о его грамматических характеристиках. Вернее будет сказать, что разнобой в словарях отражает реальную конкуренцию вариантов: внешний облик аббревиатуры ЮНЕСКО (она не склоняется, оканчивается на гласную) подсказывает средний род, а опорное слово организация – женский род. Так что варианты действительно возможны. Чаще ЮНЕСКО используется как слово женского рода.

В правилах русской пунктуации не существует понятий «длинное тире» и «среднее тире». Есть просто знак тире, его длина никак не оговаривается и обычно зависит от типа шрифта.

В случае, если приложение представляет собой словосочетание, перед ним ставится точно такое же тире, как, например, между подлежащим и сказуемым, если они выражены существительными.

Выбор падежного окончания зависит от того, к чему относится слово отправка:

а) распоряжение об изготовлении заготовок и (об) отправке их в Москву (в распоряжении говорится, что заготовки должны быть изготовлены и отправлены в Москву);

б) распоряжение об изготовлении заготовок без упаковки и (без) отправки их в Москву (заготовки должны быть изготовлены, но не упакованы и не отправлены в Москву).

Чтобы ответить на Ваш вопрос, обратимся к латинско-русскому словарю И. Х. Дворецкого. Действительно, в латинском есть два глагола: consumere со значениями «расходовать, использовать, проедать» и др. и consummare, одно из значений которого «завершать». Вполне вероятно, что у разных значений слова консумация разное происхождение, которое Вы приводите со ссылкой на английские источники. Однако из этого автоматически не следует, что и по-русски они должны иметь различное написание. Этимологическое удвоение согласных в русском языке нередко утрачивается, тому есть много примеров:  команда (фр. commande), комендант (фр. commandant), комиссия (лат. commissio), литература (лат. litteratura) и многие другие. (Конечно, есть и много случаев, когда оно сохраняется.) Ср. также слова грамота и грамматика, которые пишутся по-разному, несмотря на то что восходят к одному греческому источнику. Язык — очень сложная система, и это относится также и к его письменной форме.

Что касается слова консумация, то в общедоступных источниках (а это «Русский орфографический словарь» и его интернет-версия «Академос») оно пишется с одним «м» без уточнения значений. В словарях Л. П. Крысина и Е. Н. Шагаловой присутствует только современное значение. В «Большом академическом словаре», доступном в интернете, данное слово отсутствует вообще, в МАСе тоже. В интернет-источнике (Википедии) приводятся оба значения, но в одном написании.

Поэтому не стоит усложнять и без того сложную нашу орфографию. Давайте оставим всё как есть. Однако и написание с удвоением согласного «м» в историческом значении слова, если вдруг оно встретится, мы бы не считали ошибкой. 

Спасибо Вам за столь внимательное отношение к проблемам языка и письма.

К прекрасно проведенному Вами лингвистическому анализу добавим следующее: у выражения расставить приоритеты давняя история. В научных текстах 80-х годов ХХ века встречаем: решать проблему расстановки приоритетов в финансировании направлений; расставить приоритеты в практической деятельности; в модели были расставлены приоритеты распределения чугуна собственного производства. Одна из научных работ носит название, объясняющее смысловые и функциональные предпосылки выражения: «Применение метода расстановки приоритетов для решения технических и экономических задач». Специалистам в разных сферах промышленности этот речевой оборот помогал и помогает выразить важное прикладное значение. Безусловно, ответ справочной службы нуждается в корректировке, и мы ее обязательно сделаем.

Запятая нужна: требуется обособить определение, выраженное причастием и расположенное после определяемого слова.

Правильно склонять оба слова. Подробнее см. в "Письмовнике".