Правильно: Эффективная работа с документами. Эффективный документооборот.
Правильно: знакомиться с проектами, касающимися деятельности отдела.
Правильно: договор с ИП О. Н. Дымковцом.
В церковно-религиозных и религиозно-философских текстах в названиях православных церквей все слова названия, кроме предлогов, действительно пишутся с прописной буквы. Однако в обычных текстах написание подчиняется общим орфографическим правилам: в названиях конфессий с прописной буквы пишется первое слово. Верно: Русская православная церковь, Армянская апостольская церковь, Римско-католическая церковь и пр.
Вариант за многолетний добросовестный труд и в связи с 15-летием кажется лучшим из предложенных.
Предлог со фонетически закономерен перед словами, начинающимися с сочетаний [с, з, ш, ж + согласная] или с согласной [щ]: со ста, со славой, со звездой, со шкафа, со жгутом, со щами. Также со употребляется перед формами с начальными сочетаниями [л, ль, р, м] + согласная: со лба, со мной, со льдом, со ртом; также перед сочетаниями [в] + согласная: со вторника, со всеми, со второго.
Предлог ко употребляется перед дат. падежом существительных лен, лед, лев, лоб, ложь, мох, ров, рожь, рот, перед форой местоимения мне, перед дат. падежом слов весь, всякий, всяческий, вторник, второй, многое. Наряду с к употребляется перед формами слов вчерашний, шов.
