Вы совершенно правы, и в первом, и во втором случае не следует писать раздельно. В первом случае употреблена конструкция, усиливающая отрицание, во втором — подчеркивается отрицание. Верно: 1. Истина является никогда не достижимым знанием о действительности. 2. Основания науки не тождественны общему массиву знания.

Может быть использовано как сочетание оба этих примера, так и сочетание оба эти примера. Если речь идет о том, что примеры противопоставлены друг другу, тогда слово оба ошибочно. Нужно: эти два примера противопоставлены друг другу.

Верно: в 960–1025 годах; в 1025–1079 годах; в 1295–1370 годах.

Слова ещё и уже вполне корректно использовать в подобных предложениях. Выбор слова зависит от целей автора: использование уже указывает на то, что нечто к моменту, о котором идёт речь, является свершившимся фактом; использование ещё подчеркивает, что указанная дата оценивается автором как весьма ранняя.

Слово наконец в этом предложении не является вводным и не обособляется: Биохимики из США наконец нашли средство от такого отравления.

См. § 96 «Правил русской орфографии и пунктуации» под редакцией В. В. Лопатина: «Слово наконец является вводным, если подытоживает какое-либо перечисление — явное (во-первых, во-вторых и наконец) или скрытое (как итог некоторых событий)... Наконец в качестве наречия в роли обстоятельственного члена предложения имеет значение «под конец», «напоследок» (спустя некоторое время, в результате потраченных усилий): Мы его долго ждали, и он наконец пришел... Показателем обстоятельственного значения может служить частица -то: Наконец-то услышал прокуратор... Ср. невозможность подстановки -то при перечислении».

В зависимости от общего контекста предложения и связанного с ним решения автора возможны два варианта: 1) Плохие люди побеждают хороших, потому что хорошие люди плохо организованы; 2) Плохие люди побеждают хороших потому, что хорошие люди плохо организованы (с логическим ударением на потому).

Оба варианта корректны. Вести речь о предпочтениях при выборе словосочетания в «абстрактной» ситуации, вне контекста и вне обсуждения авторского замысла, не продуктивно.

Едва ли в подобном случае можно твердо и уверенно рассуждать о грамматических предпочтениях авторов (если приведены цитаты).

В этих предложениях приложение с союзом как имеет дополнительное значение причинности и выделяется запятыми.

После даты выдачи документа должен пройти как минимум один год, прежде чем наступит день (дата), когда можно обращаться с заявлением. Иными словами, формулировка подразумевает следующую календарную последовательность трех сроков: 1) первый промежуток времени, когда выдан документ; 2) второй промежуток времени, равный одному году; 3) момент времени (день), когда обращаются с заявлением. Фразы с сочетанием не позднее вполне объяснимо вызывают трудности у авторов и читателей текстов (см., в частности, пример в вопросе 322482). С помощью сочетания не позднее может быть обозначена сложная комбинация разных сроков — промежутков и моментов времени. Рекомендуем за дополнительными разъяснениями обратиться к материалу статьи Е. Геккиной «Время и деньги в сложных грамматических условиях» (опубликована в «Трудах Института лингвистических исследований» в 2016 году).