Пробел перед двоеточием или точкой с запятой в библиографическом описании сигнализирует о том, что перед нами не обычный грамматический знак препинания, а знак предписанной пунктуации, то есть знак, имеющий опознавательный характер для областей и элементов библиографического описания. Подобную функцию выполняет и знак «точка и тире». При этом в библиографической записи могут использоваться и обычные грамматические знаки препинания, в том числе двоеточие, например перед перечислением членов редколлегии, как в следующем случае: 

Нерешенные вопросы русского правописания : [сборник статей] / [редкол.: чл.-кор. Акад. наук СССР Р. И. Аванесов, канд. филол. наук Л. П. Калакуцкая (отв. ред.), д-р филол. наук А. А. Реформатский] ; Акад. наук СССР, Ин-т рус. яз. – Москва : Наука, 1974. – 304 с. – Электрон. копия печ. публ. доступна на сайте «Академос».

Правильно: согласно п. 4.1 договора, заключенного... (договора какого?).

По современным правилам пунктуации тире в предложении не ставится, так как между подлежащим и сказуемым-существительным стоит частица лишь. См. пункт 7 параграфа 15 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Форма устройства употребляется в случае, если она зависит от слова схема (схема (чего?) устройства), но тогда заголовок не делится на части: Исполнительная схема №1 устройства основания из песка.

Если заголовок схемы состоит из двух самостоятельных частей, то употребляется форма устройство. При этом для разделения заголовка недостаточно одной только прописной буквы — нужно или поставить между ними точку (Исполнительная схема №1. Устройство основания из песка), или расположить части на разных строках:
Исполнительная схема №1
Устройство основания из песка

Запятые перед как действительно нужны в каждом из этих предложений. В первом из них как — союзное слово, присоединяющее придаточную часть сложноподчиненного предложения: ...чтобы спросить, как дела. Во втором предложении как — союз, присоединяющий сравнительный оборот: ...вращал ее вокруг своей оси, как балерину.

В справочниках нет правил постановки двоеточия перед ссылкой. Строго говоря, структура предложения не требует постановки каких-либо знаков препинания после слов ссылка, адрес, телефон, однако на практике здесь часто ставится двоеточие как предупреждающий знак, сравним: ...по вопросу проведения капитального ремонта общего имущества многоквартирного дома, расположенного по адресу: г. Москва, Фурманный пер., д. 7; Звоните нам по телефону: 8-800...

По правилам координации здесь действительно нужно тире вместо дефиса: клеточные линии — продуценты рекомбинантных белков. См. пункт 1 параграфа 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Оба варианта пунктуационного оформления предложения корректны.

Приложение капитан 1 ранга, обозначающее воинское звание, не однородно приложению, обозначающему должность (см. параграф 42 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина), поэтому в предложении не требуются знаки препинания: Начальник АХТО Аркадий Тимофеевич Иванов и начальник отдела военно-политического управления Балтийского флота капитан 1 ранга Артём Валерьевич Петров высказались о важности проводимого мероприятия.

Верно с дефисом и без пробелов: Выпуск-2025.