Обороты «по + имя собственное», указывающие, согласно чьему мнению, чьей точке зрения, теории и т. п. что-либо утверждается, обычно обособляются. Уточним, что обособляются они в случае, если играют роль вводных конструкций, указывающих на источник сообщения, например: По Аристотелю, не все блага равноценны: есть вспомогательные, а есть финальные. Однако такие обороты могут быть тесно связаны с какими-то словами в предложении — не только с глагольными формами, на что обычно указывают справочники, но и с существительными, о чём свидетельствуют Ваши примеры. В этих случаях оборот «по + имя собственное» не нуждается в обособлении. 

В приведенных примерах по Аристотелю играет роль несогласованного определения. Кстати, тот же смысл можно выразить с помощью прилагательного, т. е. согласованного определения: идеальное государство по Аристотелю = аристотелевское идеальное государство. Возможность такой замены служит дополнительным доказательством того, что по Аристотелю здесь не является вводной конструкцией.

Не нужно ставить тире после слова "например".

Допустимы оба варианта. Согласно «Грамматическому словарю русского языка» А. А. Зализняка, слово существо  в значении 'нечто живое' может употребляться и как одушевленное, и как неодушевленное существительное.

Обращение типа Уважаемый Николай возможно. Консультант нашего портала О. И. Северская объясняет это тем, что сейчас все реже употребляется отчество, а вежливой формой обращения стало обращение по  «паспортному» имени. 

Верно с первой запятой. Как не обособляется.

Предпочтительно: ...не содержащие лекарственных веществ.

Инициалы разделяются пробелами: А. С. Пушкин.

Смысл документа от этого не изменится, но вежливее все же поставить инициалы перед фамилией.

Вводное слово вероятно следует выделить запятыми. После тире запятая не ставится, она должна быть поставлена перед тире: Две стороны жертвоприношения – страх смерти и утверждение жизни, – вероятно, находятся во власти одного и того же божества.