Корректно с кавычками.

Словарная фиксация: в Клину (см. «Словарь собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко). При этом вариант в Клине отнюдь не нов: его можно встретить у В. И. Даля (1839 г.) и даже в документах М. И. Кутузова (1812 г.): Предписание М. И. Кутузова вновь формируемому в Клине 10-му пехотному полку № 76. 29 августа 1812 года. С получения сего без ночлегов, но только с варением каш и отдыхами, предписываю оному полку, немедленно выступя, прибыть в Москву. Справедливости ради следует заметить, что других примеров такого употребления в Национальном корпусе русского языка не зафиксировано. 

Возможно, на распространенность варианта в Клине влияет гиперкоррекция (когда стремление говорить правильно приводит к появлению ошибочных форм): вариант в Клину может казаться говорящему менее правильным (как разговорное в отпуску при предпочтительном в отпуске). Тем не менее именно употребление в Клину соответствует строгой литературной норме.

Запятые перед союзами "И" не нужны.

ДоговорА - только в разговорной речи!

Варианты, о которых Вы пишете, — яркая черта старомосковского произношения. В речи коренной московской интеллигенции XIX — первой трети XX века согласный перед мягким согласным тоже был мягким. Наиболее последовательно это реализовывалось в сочетаниях зубных с мягкими зубными: [c']тена, [c']нег и т. д. В течение XX века это произношение постепенно уходило из живой речи, но сохранялось, например, в речи актеров, дикторов. Сейчас такие варианты в одних случаях уступили свои позиции новым нормам, но еще не ушли из языка совсем, они даются в словарях как допустимые, но устаревающие или устарелые: во[с]питатель u допуст. устарелое во[с’]питатель; [с]мех и допуст. устарелое [с’]мех. В других случаях они еще рекомендуются в качестве образцового литературного произношения: [с’]нег и допуст. младш. [c]нег.

Сочетание запятой и тире корректно: запятая закрывает придаточную часть сложноподчиненного предложения, тире выражает присоединительные отношения в бессоюзной конструкции. Отметим, однако, что более удачным решением здесь выглядит точка: Вернемся к Витгенштейну и к тем, кто на его взгляды оказал влияние. Это русские мыслители Л. Толстой и Ф. Достоевский.

Указанные запятые не нужны. Между однородными членами предложения, соединенными одиночным союзом и, запятая не ставится.

Противительный союз, после которого или перед которым находятся два соединенных союзом и простых предложения, не считается объединяющим элементом, и запятая перед и ставится (см. примечание 2  к параграфу 30.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя): Да, это долгое лирическое отступление, и я мог вас утомить, но оно здесь не зря.

В наименования капитанских рангов наращения действительно не используются: капитан 1 ранга. Это связано с традицией номинации.