В этом случае нет оснований игнорировать указанный Вами пункт правил, тем более что в качестве примера в нем приводится, среди прочих, название «двойной должности» директор – художественный руководитель (в сочетании обратиться к директору – художественному руководителю). Структура названия должности в Вашем случае аналогична структуре названия из этого примера. 

Выбор между запятой и тире в бессоюзном сложном предложении (а здесь именно такие конструкции) зависит от того, какой смысл хочет выразить автор. Если он утверждает существование связи, управления и т. д., то между частями возникают перечислительные отношения, требующие оформления запятой. Если же автор хочет выразить условно-временны́е отношения, обозначаемые в языке союзами если и когда, то необходимо поставить тире (см. пункт 3 параграфа 130 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). 

Запятая перед первым тире не нужна, так как содержащее дополнительные сведения сочетание зачастую без предупреждения, оформленное в виде вставки, относится к глаголу появлялись: Когда они появлялись — зачастую без предупреждения, — отец всегда встречал их радушно и приглашал в дом. Об особенностях сочетания запятых и тире при вставных конструкциях см. примечание 4 к параграфу 26.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.

Запятая перед союзным словом что ставится для отделения придаточной части сложноподчиненного предложения. Акцентировать это союзное слово, если есть необходимость, можно с помощью шрифтового выделения или знака ударения, например: ...хочу уточнить, что́ мы решили в последний раз.

Целесообразно оформить часть предложения как вставку: При длительном отсутствии зубов — неважно, одного или нескольких, — нарушается пищеварение.

В таком контексте слово дружба представляет собой цитату, правда принадлежащую не конкретному лицу, а неким людям. Правило употребления кавычек, применимое в подобных случаях, приведено в параграфе 149 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

В словарях устойчивых выражений сочетание гладкий как зеркало не зафиксировано, и пропускать парные запятые при нём нет оснований. Обособление сочетания как зеркало в приведенном Вами примере необходимо ещё и потому, что без него в предложении возникает сочетание *как зеркало водяную поверхность. 

Запятые расставлены корректно. Обособление оборота с предлогом благодаря в начале предложения факультативно, однако в данном случае запятую нужно поставить: очевидно, что словоформа бутылочки зависит от глагола использовать и не образует сочетания с существительными объём (сравним: объём бутылочки). 

Приложение мастер экспериментов, находящееся перед именем собственным Дмитрий Хогварц, не обособляется (пункт 1 параграфа 63 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). Правда, если автор логически выделит сочетание мастер экспериментов, а имя собственное сочтет попутным замечанием, то уже это имя собственное станет поясняющим обособленным приложением при сочетании мастер экспериментов (см. примечание к пункту 1 параграфа 63 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). Соответственно, основным является вариант без обособления, а вариант с обособлением допустим, если автор хочет особенным образом расставить акценты в высказывании.

В словарях русского языка  и в справочных изданиях не отмечены какие-либо смысловые и стилистические различия сочетаний типа много хуже и намного хуже, много серьезнее и намного серьезнее, много выше и намного выше.