Название Мцхета склоняется: родился в Мцхете. Поскольку это название давно освоено русским языком, то оно может склоняться и со словом город: родился в городе Мцхете.
Запятая нужна.
Правилен первый вариант: ...тихо, но с раздражением сказал он. Союз но связывает здесь два однородных обстоятельства.
Верно: по вопросам, связанным с...
Да, сочетания по данным (кого-либо, чего-либо, чьим-либо), по сведениям (кого-либо, чего-либо, чьим-либо) являются вводными и обособляются. Подробнее см. в «Справочнике по пункутации».
Стилистически нейтрально: идти по улице; дом, расположенный на улице...; жительница дома, расположенного на улице... Вариант дом по улице – канцеляризм.
Верно: цех по переработке и складированию.
Правильно: по окончании (в значении "после чего-либо").
Можно (с переносом значения).
