Дело в том, что формы в Домодедове, Митине, Бибиреве, Сколкове отнюдь не новые, а, наоборот, старые, отвечающие строгой литературной норме. Склоняемый вариант изначально был единственно правильным, несклоняемый (в Домодедово, Митино, Бибирево, Сколково) распространился относительно недавно и пришел из речи военных и географов (возник он как раз потому, что  очень важно было давать названия в исходной форме, чтобы не было путаницы: Иванов или Иваново). В современном русском языке, действительно, допустимы оба варианта: старый (в Домодедове, в Иванове, в Бирюлеве) и новый (в Домодедово, в Иваново, в Бирюлево); если же топоним употребляется с родовым словом (город, село, район и т. п.), он не склоняется: в городе Иваново, в районе Бирюлево.

Здесь Т - не терапия, а томография. При использовании аббревиатуры без родового слова согласование в женском роде корректно. При использовании родового слова требуется согласование по родовому слову: методика МРТ показала, исследование МРТ показало, метод МРТ показал...

Это простое предложение, знаки препинания в нём не нужны.

Слова автора распадаются по смыслу на две части, которые относятся к разным частям прямой речи, поэтому после них ставятся двоеточие и тире: 

— Это возмутительно! — заявил Ветров и, ударив кулаком по столу, раздражённо продолжил: — Я и только я буду решать, на что тратятся деньги, и никто больше!

Обратите внимание, что фразеологизированная синтаксическая конструкция N и только N (в данном случае представленная вариантом я и только я) может оформляться по-разному в зависимости от позиции в предложении и от интонации. В справочниках по пунктуации эта конструкция не упомянута, но практика письма, в частности Национальный корпус русского языка, показывает, что в начале предложения она скорее не требует обособления. Впрочем, возможно и её обособление как присоединительной: Я, и только я, буду решать...

Тире не нужно, достаточно запятых.

Оборот с как может обособляться, если у него есть дополнительное значение причины («поскольку Джон директор, он возглавляет...») Если по контексту такого дополнительного значения нет, запятая не требуется.

Предлагаем вариант: Нет такой науки, в которой понятия – причина и следствие, основной фактор и производный от него –  были бы настолько переплетены между собой, как в философии.

Слово корреспондентка включено в нормативные словари современного литературного языка и в некоторых из них имеет помету «разговорное». Никакой негативной окраски оно не имеет, но может избегаться в текстах строгого официально-делового стиля (не думаем, что обсуждаемый текст относится к таковым, но у директора, возможно, другое мнение).