Гипер... может быть приставкой (тогда после нее пишется ъ) или первой частью сложного слова (тогда ъ не пишется). О причинах отсутствия ъ в слове гиперядро пишет ведущий научный сотрудник ИРЯ РАН, член Орфографической комиссии РАН Е. В. Бешенкова:

«Словарный формант гипер в абсолютном большинстве слов является приставкой, что соответствует его этимологии. Например, в слове гиперъяркий это приставка (‘гипер’+‘яркий’), поэтому здесь пишется буква ъ (после приставки на согласный перед йотированными буквами, передающими сочетание звуков «[j] + гласный»). А в слове гиперядро первая часть гипер является сокращением от гиперон, то есть это сложносокращенное слово, а не слово с приставкой (иначе оно означало бы ‘сверхъядро’). Поэтому по правилам разделительный твёрдый знак здесь не пишется (ср. госязык, детясли, иняз, Минюст, спецеда). В словах же гиперизм (ошибка, обусловленная гиперкорректным произношением), гиперон (ср. барион, протон…) гипер – это корень.

Вот такой многоликий гипер. Поэтому-то его и нельзя рассматривать как обычную иноязычную приставку (в ряду ад-, аб-, диз-, ин-, интер-, кон-, контр-, об-, пан-, суб-, супер-, транс-), после которой перед е, ё, ю, я следует писать ъ».

Слова с приставкой супер- пишутся слитно. Верно: супербюджетник.

Разделительный ъ пишется после согласных перед буквами я, ю, ё, е в словах с приставками иноязычного происхождения, в том числе супер-. Верно: суперъяхта.

Правиставка супер- пишется слитно. Об этом написано в «Русском орфографическом словаре» (электронная версия — в окне «Искать на Грамоте»).

Слово не зафиксировано в академическом орфографическом словаре, правилам соответствует слитное написание: существительное экономкласс пишется слитно как сложносокращенное слово (см. правило в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря»), приставка супер- пишется слитно (см. там же). 

При образовании слов, начинающихся с и, при помощи приставок иноязычного происхождения гипер-, дез-, интер-, контр-, пост-, суб-, супер-, транс- буква и на ы не заменяется, напр.: гиперинфляция, дезинформация, дезинтеграция, контригра, постимпрессионизм, постинфарктный, субинспектор. Поэтому правильно: субинститут.

Оба слова могут быть употреблены. Смысловые признаки производных слов обычно характеризуются предельно обобщенно: существительные с приставкой сверх- и супер- называют предмет или явление повышенного качества или усиленного действия. У создателя есть возможность дать новому слову с такой приставкой авторское толкование.