Слово диссонанс самодостаточное, если можно так выразиться. Сочетающиеся с ним слова — это весьма ограниченная группа, именно поэтому в толковых словарях русского языка и не найти примеров, показывающих употребление этого интересного слова с зависимыми существительными. В современной речи встречаются обороты типа диссонанс между именем новым и старым, диссонанс формы и содержания, что свидетельствует об изменениях в употреблении обсуждаемого слова. Тем не менее стоит с вниманием отнестись к тому, как и с какими словами сочетать диссонанс, чтобы не внести... диссонанс в текст.

В словаре В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?» (М., 2011) зафиксировано: крокодил Гена.

В прямой речи персонажа вполне могут заключаться в кавычки слова, сказанные иронически. Вообще о выделении кавычками слов в особом значении можно прочитать в параграфе 58.1 Справочника Д. Э. Розенталя и в параграфе 151 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

Корректно слитное написание.

Обособление не требуется. На месте скобок не нужны никакие знаки препинания.

1. Оформление зависит от смысла. Например, если в рассказе речь идет о том, как персонаж меняется (проходит путь от Вовки до Володьки), то следует поставить тире с пробелами. А если, например, это разные имена, которыми одновременно называют персонажа другие люди (для кого-то он Вовка, а для кого-то Вован), то лучше писать с дефисами. Универсальный вариант — поставить запятые.

2. Верно: Оттого, что не унижен.

Дядя Федор – это сочетание, которое можно воспринимать по-разному. Слово дядя имеет значение 'мужчина', поэтому в сочетании с именем собственным по отношению к ребенку оно может осмысляться целиком как имя персонажа. А в именах все слова пишутся с прописной буквы. Однако кажется возможным и другое понимание. Словом дядя шутливо называют сильного и рослого мужчину. Такое обращение вполне возможно и к мальчику. В этом случае написание дядя Федор правильно.

Запятая перед чтобы не требуется.

Верно: Если, согласно нашей теории, все события сезона не что иное, как внутренний конфликт отдельно взятого персонажа, то... Тире можно оставить в качестве интонационного.

В соответствии с грамматическими нормами русского языка прозвище в таком синтаксическом случае выступает в роли приложения и не изменяется по падежам. В качестве примеров могут служить Владимир Красное Солнышко, Всеволод Большое Гнездо и Ричард Львиное Сердце.