Пояснительный оборот, вводимый союзом или, нужно выделить с двух сторон: Золотистый каранкс, или голубой каранкс (лат. Caranx crysos), — вид морских лучеперых рыб.
Метать перуны – сердиться, сильно ругать кого-л. Родиться в рубашке – о том, кому всегда сопутствует удача, счастье. Заварить кашу – затеять какое-л. неприятное хлопотливое дело. Взять быка за рога – начинать действовать энергично, решительно. Кот наплакал – очень мало (о крайне недостаточном количестве кого-л., чего-л.).
См. также наш Справочник по фразеологии.
Все приведенные слова являются омофонами — словами, которые произносятся одинаково, но пишутся по-разному. Омофоны, строго говоря, омонимами не являются.
Нужно обособить оборот с предлогами от... до..., поясняющий сочетание на самых различных грунтах: Они обитают на самых различных грунтах, от литорали до ультраабиссальных глубин Мирового океана, и ввиду значительной численности являются важным компонентом морских экосистем.
Починять примус (в переносном смысле) - заниматься своими делами, никому не мешать. Оборот восходит к роману "Мастер и Маргарита" Михаила Афанасьевича Булгакова:
...В гостиной на каминной полке, рядом с хрустальным кувшином, сидел громадный черный кот. Он держал в своих лапах примус.
В полном молчании вошедшие в гостиную созерцали этого кота в течение довольно долгого времени.
-- М-да... действительно здорово, -- шепнул один из пришедших.
-- Не шалю, никого не трогаю, починяю примус, -- недружелюбно насупившись, проговорил кот, -- и еще считаю долгом предупредить, что кот древнее и неприкосновенное животное.
Правильно дефисное написание: крошка-солдатик, лежебока-кот, красавец-шампиньон. Через дефис пишутся сочетания с однословными приложениями, предшествующими определяемому слову, напр.: старик-отец, красавица-дочка, умница-сын, герой-лётчик, мудрец-писатель, проказница-мартышка, самодурка-мачеха, трудяга-следователь, профан-редактор, пройдоха-управляющий. Такие приложения носят оценочный характер.
Можно оставить запятую либо тире. Два знака избыточны.