Корректная пунктуация: ...и тут возникают вопросы: следует ли скачивать эту книгу или же (стоит) ограничиться только ссылкой на ресурс? Слово вопросы не является обобщающим.

Обратите внимание: неясно, почему слово вопросы стоит в форме множественного числа, а за ним следует только один вопрос.

Это сложноподчиненное предложение, в котором придаточная часть (изъяснительная) находится перед главной частью и присоединена к ней союзом-частицей ли. Поскольку в начале придаточной части находится сочетание союза и частицы а вот, перестановка частей невозможна (сравним: *По сей день остаётся загадкой, а вот может ли она летать на самом деле), между частями предложения нужно поставить тире: А вот может ли она летать на самом деле — по сей день остаётся загадкой.

Корректно: 1. Однако ночь приходит вновь и растворяет волшебство дня. 2. Он был слишком молод, неспособен подойти к ситуации серьёзно. 3. Я не знаю, люблю ли я сильнее кошек или собак. 4. Я не знаю, нравятся ли мне больше собаки или кошки.

Ответы на вопросы о том, в каких случаях нужно ставить запятые, Вы найдете в справочнике по пунктуации. 

Академическая «Русская грамматика» 1980 года предложения такого типа относит к вопросительным. Вот цитата из «Русской грамматики»:

Предложения типа Это ли не счастье? Ему ли не понять этого? открываются местоименным словом, за которым следует частица ли; второй компонент – словоформа с отрицательной частицей. Порядок компонентов закреплен: Я ли ее не любила? Я ли не берегла? (Горьк.); Это ли не чудо великое, это ли не указание? (Бунин); Я ль не робею от синего взгляда? (Есен.); Их ли нам бояться?; Оттуда ли ждать помощи? Такие предложения являются вопросительными лишь по форме: они не предполагают ответа и означают утверждение или отрицание, осложненное экспрессивной оценкой.

По правилам пунктуации верно: Теперь мне хотелось бы ответить на следующие два вопроса: "Почему я туда поехал?", "Мог ли я туда не поехать?". Предложенный Вами вариант (с точкой) можно рассматривать как авторское оформление. Писать слова с большой буквы после двоеточия, не используя кавычек, некорректно.

Частица то ли дело не требует постановки знаков препинания: То ли дело когда он коварно шепчет и уговаривает...

Правильно только вря[т] ли. Произношение вря[д] ли неправильно. См.: Каленчук М. Л., Касаткин Л. Л., Касаткина Р. Ф. Большой орфоэпический словарь русского языка. М., 2012.

Дело в том, что при тесном слиянии в произношении какого-либо слова с последующим на месте звонких согласных на конце первого слова произносятся глухие согласные не только перед глухими согласными следующего слова, но также перед гласными и перед [р], [л], [м], [н], [й], [в]. Ср.: горо[т] Ростов, скла[т] машин, здоро[ф] ли он.

Прилагательное должно стоять в форме множественного числа: нам ли быть недовольными.

Обособляется деепричастный оборот: И не будет ли лучше тренировать все это, играя и получая удовольствие.

Запятая нужна, поскольку однородные сказуемые соединены повторяющимся союзом ли.... или.