Корректно: В ответ на письмо В.М. Борисова и принимая во внимание письмо Ю.В. Александрова направляю Вам для подписания договор, скорректированный с учетом замечаний ранее перечисленных лиц.

Запятая после деепричастного оборота не ставится, так как деепричастный оборот выступает в качестве однородного члена предложения с необособленным обстоятельством.

Правило о написании Вы с прописной буквы при вежливом обращении к одному лицу не является строго обязательным и применяется по желанию пишущего. Написание вы со строчной – вовсе не ошибка (и уж тем более не грубая). Обращение на вы  само по себе является признаком уважительного отношения к собеседнику.

Слово желательно употребляется, как правило, только в значении сказуемого, после него следует инфинитив или придаточное предложение, присоединяемое союзом чтобы: желательно получить ответ; желательно, чтобы все уладилось. В качестве вводного слова желательно не употребляется; конструкции, подобные приведенной Вами, для русского языка нехарактерны, корректно: желательно, чтобы кандидат был женатым.

Оба варианта корректны. Исследования показывают, что в случае обратного порядка слов (когда подлежащее, выраженное количественно-именным сочетанием, находится после сказуемого, как в Вашем примере) сказуемое чаще употребляется в единственном числе: В вагончике находится несколько человек. Но вариант с множественным числом (В вагончике находятся несколько человек) тоже не ошибка.

Каждое из частей этого сложного предложения представляет собой так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен. Часть Вы в ресурсе трудно прочитать с паузой после вы, а потому тире здесь неуместно.

Первая запятая отделяет междометие от остального предложения, вторая — присоединительную конструкцию, третья — придаточную часть. Заметим, что, поскольку после присоединительной конструкции предложение продолжается, её лучше оформить как вставку: Увы, всё это тоже снесли (кое-что подчистую), когда вместо старой «большой деревни» власти создавали новый социалистический город.

Правил правописания, регламентирующих данную ситуацию, нет. Полагаем, что более удачен первый вариант: ...стоимость выполненных работ составляет 10 875,00 (Десять тысяч восемьсот семьдесят пять рублей 00 копеек)... Наш выбор обусловлен тем, что в записи 10 875,00 цифры после запятой обозначают копейки, поэтому второй вариант избыточен.

Если авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение, то они начинаются с прописной буквы:

– Я же говорила. – Гордая мама подпёрла бока руками.

– День получки! – Сторож похлопал себя по карману.

Обратите внимание: второе предложение построено неудачно, т. к. глагол заметила воспринимается как глагол говорения.