Запятые здесь ставятся в соответствии с основным принципом русской пунктуации – структурным (синтаксическим), по правилу обособления определительного оборота, стоящего после определяемого существительного.

В первом предложении запятые не нужны, второе мы бы перестроили: Начнем с известного духовного писателя Андрея Николаевича Муравьева, товарища юности Тютчева.

Ответ на Ваш вопрос содержится в следующем документе: ОСТ 91500.05.001.00 «Стандарты качества лекарственных средств. Основные положения». В разделе «Термины и определения» указано:

Лекарственные средства – вещества, применяемые для профилактики, диагностики, лечения болезни, предотвращения беременности, полученные из крови, плазмы крови, а также органов, тканей человека или животного, растений, минералов методами синтеза или с применением биологических технологий. К лекарственным средствам относятся также вещества растительного, животного или синтетического происхождения, обладающие фармакологической активностью и предназначенные для производства и изготовления лекарственных средств;

Лекарственные препараты – дозированные лекарственные средства в определенной лекарственной форме.

Да, ударение в этом слове падает на ы.  Сослаться можно на любой нормативный словарь, в котором это слово зафиксировано. Например, на «Словарь ударений русского языка» И. Л. Резниченко (М., 2015) или на «Орфоэпический словарь русского языка» под редакцией Н. А. Еськовой (М., 2015). Если же и эти ссылки не убедят Ваших оппонентов (скажут, например: «Чего только в современных словарях не напишут!»), можете сослаться на словарь-справочник «Русское литературное произношение и ударение» под ред. Р. И. Аванесова и С. И. Ожегова (М., 1959), где тоже указано, что правильно только с ударением на ы.

Для использования прописной буквы в этом названии оснований нет. Заключить его в кавычки (как сочетание, употребленное в новом терминологическом значении) можно. Кавычки будут уместны в статье для широкого читателя, еще незнакомого с этим явлением. В материалах «для посвященных» кавычки уже избыточны.

Крылатая фраза Дети – цветы жизни, по-видимому, восходит к словам Максима Горького «Дети – живые цветы земли». Однако этот образ появился задолго до Горького, известен, например, афоризм австрийского юмориста XIX века Моисея Сафира: «Цветы – дети царства растений, дети – цветы царства людей». Наверное, можно сказать, что подобная мысль присутствует в сознании людей с того момента, когда они стали людьми, и не является достоянием какой-то отдельной культуры, но принадлежит человечеству в целом.

Да, в обобщенном значении 'государственное образование в составе федерации' сочетание субъект федерации пишется строчными (если речь идет, например, о штатах США или Индии, швейцарских кантонах, землях Австрии или Германии и т. п., хотя такое употребление встречается нечасто). Однако если речь идет о субъектах Российской Федерации (государственно-правовых образованиях, входящих в состав Российской Федерации), слово Федерация пишется с большой буквы, т. к. употребляется здесь в значении 'Российская Федерация', т. е. является именем собственным.