Это один подчинительный союз. Он относится к категории двухместных союзов, то есть союзов, состоящих из двух элементов, которые в предложении располагаются не рядом друг с другом.
Верно: встретимся в новой кафе-закусочной.
Дефис стоит неверно. При обозначении периода ставится тире: В конце лета — начале осени...
См. в «Справочнике по пунктуации».
Корректно: ...изучает материалы, в том числе используя и общедоступные источники информации.
В этом предложении нет оснований ставить запятые.
Возможны оба варианта. В подобных случаях сказуемое в придаточном предложении может стоять как в форме единственного, так и в форме множественного числа.
Верно: ...и ждем нашего папу. Глагол ждать используется с существительными в винительном падеже, если оно обозначает конкретный предмет или лицо: ждем — кого-что? — папу, маму.
Дополнительные знаки препинания в этом предложении не требуются.
Оба варианта корректны.
