Точку следует ставить внутри скобок, так как в них заключено  самостоятельное завершённое предложение. 

Вы правы в том, что в приведенных примерах деепричастие учитывая употреблено некорректно. Во всех трех случаях лучше использовать условное придаточное: Если учесть, что… Но деепричастие при этом не перестает быть деепричастием. Предлог не может подчинять изъяснительное придаточное, на это способно только знаменательное слово с определенным значением.

Некорректность употребления деепричастия заключается в следующем. Действие, обозначаемое деепричастием, должно выполняться тем же субъектом, что и действие, обозначенное глаголом-сказуемым. Но сочетание не может учитывать (в первом примере), словообразование — тоже (второй пример), стратегия — тоже (третий пример). Именно несоблюдение этого правила вы ошибочно именуете «согласованием со сказуемым» (согласования в грамматическом смысле здесь нет).

Последняя из указанных запятых не нужна: Командировать Иванова Ивана Ивановича, ведущего специалиста, в Х область, г. Х, ОАО "Рога и копыта", 14 октября 2019 г. на 1 день для проведения выездной проверки...

Необходим знак препинания перед оборотом с предлогами от... до..., уточняющим сочетание полный спектр услуг. Пунктуация при таких оборотах в справочниках не кодифицирована, в практике письма используются тире, двоеточие, запятая. 

Слитное написание неясно корректно. Запятая поставлена правильно (только она не выделяет слово неясно, а разделяет части сложного предложения). Обратите внимание на грамматическую ошибку: вместо согласно какого НТД должно быть согласно какому НТД (предлог согласно управляет дательным падежом).

Верно: По результатам проверки будут даны поручения руководителям подразделений, в частности погрузочного, сортировочного и транспортного, проводить дальнейший мониторинг.

Вариант в кавычках и с маленькой буквы верен. Обратите внимание: правильно – по завершении вечеров.