В этом предложении при существительном Петербург имеется два приложения и одно согласованное определение, все вместе образующие ряд. Элементы этого ряда можно перечислить через запятую, а можно какую-то часть ряда отделить более сильным знаком тире, подчеркнув его самостоятельность:

...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга — его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга, его родного города — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к родному городу);
...Петербурга, его родного города, — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к Петербургу).

Если поставить тире перед последним приложением, то сочетание согласованных определений нужно закрыть запятой:
...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, — прототипа всех будущих городов.

Слова международный, всемирный, всероссийский пишутся с большой буквы, если входят в состав официального названия мероприятия. В остальных случаях верно написание строчными.

Да, при наличии пояснительных слов так, столь правильно раздельное написание. Ср.: долгожданным цветом осени, но: цветом осени, так долго жданным.

Не видим пунктуационных оснований для постановки запятой после слова запасы.

Дело в том, что «Краткий справочник по оформлению актов Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации» фиксирует именно те написания, которые приняты в современной официальной документации. В своих ответах мы нередко подчеркиваем, что некоторые рекомендации этого справочника противоречат орфографическим и пунктуационным нормам. Но игнорировать это издание и рекомендовать, например, написания Государственная дума или Военно-морской флот РФ (верные с лингвистической точки зрения), прекрасно зная, что они не соответствуют нормам официальной речи, мы не можем, это будет не совсем честно по отношению к нашим читателям.

Вы написали верно: В первой половине 1980-х годов экономический эффект от более чем 1000 [тысячи] научных проектов составил 97 миллионов рублей. Мы не уверены, что экономический эффект исчисляется в суммах, но это уже вопрос не к лингвистам, а к экономистам. 

А у Лермонтова и Достоевского (в источниках) не хватает знаков препинания?

Да, в этих и подобных случаях придаточные предложения со словом который выделяются запятыми с двух сторон. Знаки препинания расставлены верно.

Есть ошибки. Проверьте еще раз.