Прилагательное незнакомый многозначное. Следовательно, его принадлежность лексико-грамматическому разряду относительных или качественных нужно устанавливать с учетом конкретного значения (обычно с опорой на контекст). Качественные прилагательные могут иметь сопутствующие грамматические признаки (краткую форму, степени сравнения и т. д.), легко сочетаются с наречиями меры и степени.

Очевидно, программа пытается связать существительное остановки с ближайшим к нему предлогом для, не «понимая», что этот предлог находится внутри распространенного определения обязательных для данного маршрута (и, соответственно, относится к существительному маршрут) и что существительное остановки связано с предлогом на.

Фраза Я правильно понимаю? имеет право на существование. Она применяется в ситуациях, когда говорящий хочет удостовериться в корректности своего понимания информации или ситуации. Первое значение глагола понять — «усвоить, сделать принадлежностью своего сознания смысл, сущность, значение и т. п. чего-л.», и в этом значении глагол может сочетаться с наречиями, указывающими на субъективность понимания: плохо, хорошо, правильно, неправильно, приблизительно, глубоко, поверхностно, по-своему и т. д. 

Между подлежащим и сказуемым одной грамматической основы никогда не ставится запятая.

Сами по себе слова к тому же  не обособляются. Но выделяются запятыми присоединительные обороты, начинающиеся этим союзом, например: Я не смогу выполнить это поручение: времени очень мало, к тому же я не умею делать два дела сразу.

Запятая не нужна, т. к. здесь нет сравниваемых понятий. Подробные рекомендации см. в «Справочнике по пунктуации».

О вопросах теории слогораздела см. здесь.

Такая словарная статья была во втором издании «Русского орфографического словаря» (М., 2005). В 4-м издании (2012) ее сняли, осталось только: не чуждый (чего и кому, чему); кр. ф. не чужд, не чужда, не чуждо, не чужды.

Внесли правки в электронную версию на нашем портале, теперь всё соответствует 4-му изданию словаря.

Запятые ставятся при уточнении, то есть при последующем сужении понятия. Вы правильно расставили знаки препинания.