Приведенное Вами выражение чаще записывается в современной графике — с буквой и. Кавычки в нем возникают под влиянием специальных текстов (в частности, лингвистических), в которых буквы принято выделять курсивом (так, например, в наших ответах). Однако курсив в названиях букв, записанных словом (бэ, вэ, же, твердый знак, фита, ижица, э оборотное, и десятеричное, и восьмеричное, и краткое, и), как и кавычки, избыточен. Приведем другие примеры фразеологизмов с названиями букв: на ять, писать (выделывать) мыслете, от аза до ижицы, от альфы до омеги, от а до я. Если во фразеологизме необходимо заменить и на i, то кавычки тем более не нужны: иная графика (латиница или вышедшие из употребления буквы кириллицы) — достаточное средство выделения.

Наша общая рекомендация — не выделять букву во фразеологизме ни курсивом, ни кавычками (см. также фиксацию фразеологизма и других названий букв в базе орфографического академического ресурса «Академос»). Но мы не можем не отметить, что иногда от общих рекомендаций приходится отступать под влиянием всего текста, его оформления, расположения на странице. Такие решения принимает редактор.

Названия этих книг Ветхого Завета пишутся с прописной буквы без кавычек: Бытие, Исход, Левит, Числа, Второзаконие. Что касается использования этих названий со словом книга, то здесь на практике довольно большой разнобой, общеупотребительных правил нет. Как правило, слово Книга в этом случае тоже пишется с прописной, кавычки не используются: в Книге Бытия, в Книге Чисел. 

Правила написания названий других книг Священного Писания и богослужебных книг можно найти в справочнике «Редакционно-издательское оформление церковных печатных изданий».

Вам помогут следующие справочники: Гиляревский Р. С., Старостин Б. А. Иностранные имена и названия в русском тексте. — 3-е изд., испр. и доп. — М.: Высшая школа, 1985; Практическая транскрипция фамильно-именных групп / Под ред. Р. С. Гиляревского. — М.: Физматлит, 2004.

«Русский орфографический словарь» РАН (под ред. В. В. Лопатина и О. Е. Ивановой. 4-е изд., М., 2012) – наиболее полный орфографический словарь современного русского языка. То, что он не входит в список, о котором Вы говорите, не означает, что на этот словарь нельзя ссылаться. Этот странный список, в общем-то, был составлен чиновниками для чиновников («...при его использовании в качестве государственного языка Российской Федерации»).

С пунктами 1-4 мы согласны. В 5-м пункте требуется написание со строчной буквы, кавычки использовать не нужно.

См. ответ на вопрос № 306365. К этому ответу добавим, что в «Справочнике личных имен народов РСФСР» под ред. А. В. Суперанской (3-е изд., испр., М., 1987) сформулированы специальные правила образования и написания отчеств. В частности, там находим такое правило: если имя заканчивается на согласный -ж, -ц, -ч, -ш, -щ, к нему добавляется -евич, -вена: ...Герц + евич, -евна... (с. 622).

Правил русского языка, регулирующих порядок расположения фамилии, имени и отчества в графе, называющейся «Ф. И. О», не существует. А вот сокращенное написание сочетания фамилия, имя, отчество кодифицировано. Нормативны варианты: Ф. И. О. и ф. и. о. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012.

От имени Савватий образуются отчества Савватиевич, Савватиевна и Савватьевич, Савватьевна (См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012). Орфографически варианты Савватьевна и Савватиевна равноправны, но в документах одного человека должен последовательно употребляться только один вариант (либо только Савватьевна во всех документах, либо только Савватиевна).

Большую букву в названии должности, профессии, звания и под. после слова имени или сокращения им. пишут только в географических названиях. Ср.: улица имени Академика В. Н. Челомея, улица имени Генерала А. П. Белобородова, но завод имени академика В. П. Филатова, школа № 627 имени генерала Д. Д. Лелюшенко.

В значении 'камин, очаг' правильно: камелёк. Слово комелёк используется только как уменьшительное к комель (часть дерева). По словарю Даля, составленному в позапрошлом веке, нельзя проверять орфографию современного русского языка.