Мы ошибки в приведенных примерах не видим. Еще в «Грамматике русского языка» (АН СССР, т. II, ч. I. М., 1954) приводился целый ряд подобных примеров: … кудри — чесаный лен… (Некрасов); ...самоубийства — явление нежелательное (Чехов) и др. (параграф 712, с. 517-518). Между тем эта академическая грамматика была абсолютно нормативной. И грамматические нормы на этом участке системы с тех пор нисколько строже не стали.
Глагол недоедать употребляется в значении 'есть недостаточно, плохо питаться'. А глагол доедать означает 'съедать до конца', поэтому верно: не доедать борщ ('не съедать борщ до конца').
На разнице в значении глаголов недоедать и не доедать основан юмористический эффект в довольно известном анекдоте советской эпохи. Рабочие пишут письмо в ЦК КПСС: «Мы, пролетарии Нечерноземья, прочитали в «Правде», что негры в Африке недоедают. Нельзя ли все, что они не доедают, присылать нам?»
Нам неизвестен словарь, в котором у слова навзничь отмечено значение 'на спину или грудь'. Навзничь означало и означает 'опрокинувшись на спину, вверх лицом' (см. данные разных словарей). Слово с противоположным значением – ничком 'лицом вниз (о лежащем)'. Наречие плашмя толкуется так: 'плоской стороной'. Примеры: Ударить шашкой плашмя. Упасть, лежать плашмя (всем телом, навзничь или ничком). Об истории слов навзничь и ничком можно послушать в передаче портала «Грамота.ру» и радио «Культура» «Игра слов».
Действительно, глаголы близки по значению, но тем не менее семантически и стилистически различаются, что уже «предсказано» их происхождением. Глагол чужда́ться употребляется в книжной речи (прежде всего в научной), это предопределяет его семантическое разнообразие и сравнительно широкую сочетаемость. У глагола чураться интересная этимология: он образован от слова-заклинания чур и сохраняет в значении признак «бояться, остерегаться». В речевом обороте (не) чураться работы отражено именно представление о том, боится или нет человек работы.
Исключений нет: На месте безударного гласного пишется а: заря´, зарни´ца, зарево´й, озари´ть, озаря´ться, озаре´ние, заря´нка (птица), заряни´ца; зарева́ть; под ударением — а и о, ср.: за´рево, лучеза´рный, светоза´рный и зо´ри (мн. ч. слова заря´), зо´рька, зо´ренька, зо´рюшка, зо´ря (военный сигнал, обычно в выражении бить или играть зо´рю).
Реальное написание слов этого типа (вид — подвид) сильно колеблется, но все больше устанавливается дефисное написание при описании подвидов, даже если вторые части могут употребляться самостоятельно в том же значении, напр.: дельфин-афалина (= афалина), антилопа-сайгак (= сайгак). Поэтому правило рекомендует для раздельного написания только соотношение "род — вид", типа рыба треска, птица иволга. Полагаем, что корректно дефисное написание камбала-калкан (но рыба камбала). Кстати, сочетание журавль стерх нигде не кодифицировано, а в Академосе есть журавль-красавка, хотя слово красавка может употребляться и самостоятельно.
Постулат «после а, но, однако ставим запятые» неверен: постановка запятых обусловлена не самими этими словами, а синтаксическим строем предложения. Сами по себе союзы а, но и однако (в значении 'но'), стоящие в начале предложения, не требуют постановки после себя запятой. В приведенном Вами предложении запятая после но не нужна. Ср.: Но, подумав еще раз, он понял, что был неправ – запятая после но ставится, но не из-за этого слова, а из-за того, что далее следует деепричастный оборот.
После междометия однако, стоящего в начале предложения и выражающего возмущение, удивление и иные эмоции, запятая ставится: Однако, каков мерзавец!
Такое употребление возможно. Вот цитата из академической «Русской грамматики» (М., 1980): «В экспрессивной речи при выражении снисходительного, иронического или участливого отношения возможно употребление мы в знач. 'ты' или 'он'». Участливое отношение выражает мы в речи врачей при обращении к пациенту (как правило, не взрослому): Что у нас болит? (в значении 'что у тебя болит') и мы в речи родителей, когда речь идет об их ребенке: мы молнию не умеем застегивать, мы во втором классе учимся (в значении 'он молнию не умеет застегивать', 'она в третьем классе учится') и т. п.
Ход рассуждения следующий.
Заменим местоимение существительным, вместо которого оно употреблено:
Не все растения прижились.
Ясно, что вместо (не) все растения возможны варианты многие растения, некоторые растения, сильные растения, слабые растения и т. д. Очевидно, что подлежащим является только существительное, а местоимение служит определением к нему. Определение является одним из второстепенных членов, но может играть решающую роль в формировании общего смысла предложения — как и другие второстепенные члены; однако это еще не основание для того, чтобы включать их в один из главных членов.
То же касается и исходного варианта предложения: подлежащее — они.