Инициалы в этом случае лучше поставить перед фамилией.
Обращение на вы к одному человеку само по себе выражает уважительное отношение. Вы рекомендуется писать с прописной при обращении к одному лицу, но окончательное решение принимает автор текста.
Правильно написание строчными: шенгенская виза.
Корректен только вариант: бывшего руководителя и его заместителя. Для того чтобы стало понятно, что рукодитель — женщина, придется, вероятно, упомянуть ее фамилию.
Правильно написание с заглавной буквы.
Правильно: изобретшим.
Выражение вместе с тем не требует постановки знаков препинания.
Пример делового письма см. в Письмовнике.
Пронумерованный – причастие, а ограниченный в приведенном контексте – прилагательное. В кратких причастиях пишется одно н, в кратких прилагательных – столько же, сколько в полных.