В русском языке порядок членов предложения свободный. Верны все варианты, которые Вы перечислили.
Буквенные наращения применяются только к порядковым числительным, при количественных числительных буквенное наращение не употребляется. Можно использовать и числовую, и буквенную форму: не более 3 доз или не более трех доз; не менее 2 человек или не менее двух человек; выпускается 7 размеров или выпускается семь размеров. Буквенная форма при обозначении однозначных чисел в косвенных падежах предпочтительнее. При порядковых числительных необходимы буквенные наращения: пожар 1-й категории; ожог 1-й степени; ниже 2-го этажа. И в этом случае возможно и числовое, и буквенное оформление числительных.
Правило звучит так: в составных названиях важнейших документов и сборников документов, государственных законов, а также архитектурных и других памятников, предметов и произведений искусства с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена. Но при этом начальное родовое наименование в подобных названиях архитектурных и других памятников, произведений искусства пишется со строчной буквы. Ср.: дворец Белосельских-Белозерских (дворец — родовое слово), но Дворец конгрессов, Дворец наций (Дворец — первое слово названия). Сложность как раз в том, чтобы определить границы имени собственного, не всегда это можно сделать легко и последовательно.
В приведенных Вами примерах корректно: палаццо Колонна, дворец Александра III в Массандре (ср.: Массандровский дворец), Арсенальная комната Царскосельского дворца (может, использовать современное название — Екатерининского?), парадная анфилада Царскосельского дворца, Малый Трианон, центральный вестибюль замка Шамбор, вилла «Черный лебедь», вилла «Ротонда».
Сложнее всего, кажется, с названием д/Дом ф/Фавна. Возможно написание дом Фавна (тем более в ряду перечисления других домов в Помпеях), но в условиях контекста может быть уместно использовать прописную как раз в первом слове, чтобы избежать модели «дом, принадлежащий...» и подчеркнуть, что речь идет о памятнике архитектуры.
Слова число и цифра различаются по значению и по происхождению. Число — единица счёта, выражающая количество (один дом, два дома, три дома и т.д.). Цифра — знак (символ), обозначающий значение числа. См. подробнее: Числа и цифры.
Не хватает запятой перед деепричастием работая.
В каждом из этих предложений сказуемое требует конкретизации (без оборота с как предложение теряет смысл). Поэтому запятые перед как не нужны.
Оборот в три часа можно выделить запятыми, если вы хотите придать ему характер уточнения (сегодня, а именно в три часа...). Если такого намерения нет, то запятые не нужны.
Частица что ли обособляется вне зависимости от позиции, которую она занимает в предложении.
"Справка" на этом сайте отвечает только на вопросы по русскому языку.