Пунктуация верна.

Второе тире не нужно. Справочник по пунктуации Д. Э. Розенталя указывает, что при обособлении приложений тире второе тире опускается, если по условиям контекста после обособленного приложения ставится запятая.

Знаки препинания в предложении расставлены правильно.

В этом предложении действительно не нужны знаки препинания. Сочетание тем не менее не является вводным.

Вас не случайно смущает употребление сочетания в том числе в этом предложении. И дело не только в пунктуации. Словари говорят, что это сочетание является союзом и используется «для присоединения слов, использующихся для обозначения, выделения человека или предмета, на к-рые среди прочих (прочего) распространяется сказанное в предыдущей части», например: Пришли все, в том числе и Мухин. Многие сотрудники, в том числе он, сейчас в отпуске. В таких случаях в том числе открывает собой присоединительный оборот. 

В приведенном Вами предложении нет присоединительного оборота. Сочетание в том числе здесь используется в значении, не зафиксированном словарями, — в значении ‘не только, но и’. Здесь оно показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (в Вашем случае — что документация может быть представлена и в других формах, помимо формы интерактивных руководств). Подобные случаи в справочниках не рассмотрены, о чём пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. Судя по приводимым в статье примерам, в большинстве случаев знаки препинания при таком «самостоятельном» в том числе не требуются. Полагаем, что не требуются они и в Вашем примере.

Нужно закрыть запятой придаточное предложение: Самые настойчивые, я бы сказал напористые — те, кого вы можете видеть вокруг себя, — получат достойное вознаграждение.

Знаки расставлены правильно.

Перед прямым вопросом, включенным в состав бессоюзного сложного предложения, ставится двоеточие: Я тоже думаю: может, попробовать?

Как выяснилось в данном случае вводное сочетание, не образующее тесной связи с союзом а (сравним: Глеб боялся начальника, а это было излишне). Вводные сочетания выделяются с двух сторон запятыми: Ещё вчера Глеб боялся начальника, а, как выяснилось, это было излишне: шеф был неконфликтным, даже вроде готовым пойти на уступки.

Пунктуационное оформление и стилистика этого фрагмента вполне корректны.