Запятая ставится.
Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.
В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте.
В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.
1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.: В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.
2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.
С местоимением Вы слова согласуются во множественном числе. Вы написали верно.
Полагаем, следует подобрать другой синоним. Может быть, "ручная сортировка", "упорядочить вручную"?
Запятая нужна, так как требуется обособить придаточную часть хоть ты и прав, находящуюся внутри главной части В любом случае не стоит говорить об этом всем и каждому.
Если предложение из официально-деловой речи, где важна точность, то лучше выбрать второй вариант. В менее строгих условиях возможен и первый вариант, если смысл понятен по контексту.
В соответствующей статье "Википедии" не указан источник информации об ударении. Скорее всего, автор просто допустил ошибку.
Обратите внимание, что в слове гофрирование ударение падает на а (не на о).
В данном случае перед деепричастным оборотом нет частицы и, поэтому запятая нужна: И лучше всего начинать такой освежающий день, глядя на море! Ср.: Он оставался печальным и глядя на море – здесь запятой нет, т. к. перед оборотом стоит частица и.
Запятая перед или поставлена верно.
