Вы совершенно правы, и в первом, и во втором случае не следует писать раздельно. В первом случае употреблена конструкция, усиливающая отрицание, во втором — подчеркивается отрицание. Верно: 1. Истина является никогда не достижимым знанием о действительности. 2. Основания науки не тождественны общему массиву знания.

Форма дверьми не является разговорной: дверьми и дверями равноправны. Форма зверьми находится за пределами современной нормы, правильно только зверями. Формы лошадьми и лошадями соответствуют норме, некоторые нормативные руководства форму лошадьми называют предпочтительной. Равноправными нормативными вариантами являются формы дочерьми и дочерями. Только окончание -ми соответствует норме в формах детьми и людьми. Творительный падеж на -ми встречается во фразеологических оборотах лечь костьми и бить плетьми.

В составе буквенных аббревиатур чтение некоторых названий букв может не совпадать с их общепринятыми названиями. По общему правилу буквенные аббревиатуры произносятся по названиям начальных букв слова или частей сложного слова, но есть исключения типа США ([сэ-шэ-а]) или ФРГ ([фэ-эр-гэ]). Аббревиатура ЮАР произносится как обычное слово [jу-ар]. См. наш материал «Как правильно употреблять аббревиатуры?».

Наиболее распространенная версия происхождения этого фразеологизма связывается с кустарным промыслом по изготовлению деревянных ложек, чашек и другой посуды. См. наш «Справочник по фразеологии».

В русском языке есть правила, с которыми мы не согласны, но они остаются правилами.

Двоеточие перед заключенной в кавычки цитатой ставить не нужно, потому что она играет роль приложения при существительном высказывание: Я понимаю смысл высказывания Л. Н. Толстого «Нам всегда кажется, что нас любят за то, что мы хороши. А не догадываемся, что любят нас оттого, что хороши те, кто нас любит» так...

В справочнике Д. Э. Розенталя речь идет о правилах постановки тире. О том, надо или не надо отбивать тире от цифр пробелами, здесь ничего не сказано (это справочник по правописанию, а не по техническому оформлению текстов). Поэтому ориентироваться в этом вопросе на справочник Д. Э. Розенталя  вряд ли целесообразно: конкретной рекомендации нет, а наличие пробелов в примерах вполне может быть ошибкой верстки. А вот в «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина, Л. К. Чельцовой (эта книга посвящена как раз вопросам редакционно-издательского оформления изданий) дано прямое указание: тире, по техническим правилам набора, не должно отбиваться от цифр.

Тем не менее это прямая речь, в словах автора есть глагол высказывания написала. Поэтому следует использовать кавычки, запятую и тире, как в Вашем примере.

В современной речи образное, метафорическое употребление слова паноптикум встречается все чаще, а первые примеры использования этого слова в переносном значении можно найти еще в художественной литературе 30-х годов ХХ века. Это фигуральное существование слова не представляет собой отступления от лексических норм русского языка. Напротив, в нем находит свое воплощение один из типичных процессов семантической динамики словарного состава языка. Как представляется, многозначность слова паноптикум должна получить свое отражение в толковых словарях русского языка.  

Знаки препинания в схемах предложений с прямой речью Вы ставите правильно. Кроме справочников Д. Э. Розенталя, Вы можете сослаться на «Правила орфографии и пунктуации» 1956 г. и полный академический справочник под ред. В. В. Лопатина. Хотя в тексте правил порядок знаков не оговаривается, примеры однозначно показывают, в каком порядке должны стоять кавычки и другие знаки.