Здесь верен второй вариант. Главная часть образует с придаточной так называемое местоименно-союзное предложение: средством связи в нем служит не только союз что, но и местоименное наречие так. Сложноподчиненные предложения этого типа имеют значение степени, следствия. В нашем случае следствие из того, что Романов был встревожен и занят своими мыслями, состоит в том, что он не мог понять, который час (а не в том, что он видел стрелки на циферблате). Следовательно, союз что относится не столько к сочетанию видел стрелки на циферблате, сколько к сочетанию не мог понять. Получается, что сказуемые видел и не мог понять являются однородными, образуя одну придаточную часть (представляющую собой неполное предложение, подлежащее в котором восстанавливается из предыдущей части).
Все три выражения являются правильными. Отметим отличия, на которые и Вы обратили внимание. Оборот с предлогом по используется в качестве официального наименования территориального подразделения УМВД, а следовательно, предпочтителен в текстах, где важна номинативная точность. В двух других случаях сфера употребления оборотов намного шире, не стандартизирована, выбор конструкций может диктоваться смысловыми особенностями высказываний и стилистическими свойствами текстов.
В этом предложении не нужны запятые.
Сочетание пока не закреплено академическим орфографическим словарем. Системным будет написание коррупционно опасный: часть опасный пишется раздельно с первой наречной частью, производной от суффиксального прилагательного (ср. аварийно опасный, радиационно опасный, химически опасный, эрозионно опасный).
Здесь называется — сказуемое. Сочетание сходил за хлебом, представляющее собой неполное предложение, выступает в несвойственной ему роли при сказуемом, поэтому его нужно заключить в кавычки: Это называется «сходил за хлебом».
Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают.
Нужно согласовать определение с определяемыми словами: контроль за организациями и подразделениями (какими?), занятыми в реализации проекта.
Ударение нужно ставить на последний слог. В шестое издание «Русского орфографического словаря» (2023 г.) и в базу орфографического академического ресурса «Академос» уже внесено соответствующее исправление.
Прилагательное замшелый образуется от глагола замшеть.
Несмотря на — производный предлог, синонимичный производному предлогу вопреки (несмотря ни на что = вопреки всему). Согласно параграфу 75 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), обстоятельственные обороты, имеющие в своем составе производные предлоги и предложные сочетания (благодаря, вопреки, ввиду, в целях, в связи с, во избежание, вследствие, по случаю, по причине, при наличии, согласно с, в отличие от, в противоположность, наподобие, при условии, в силу, за отсутствием, несмотря на, невзирая на, спустя, независимо от и др.), обособляются при подчеркивании их смысла. В приведённом Вами предложении нет оснований для обязательного обособления обстоятельства несмотря ни на что, однако и постановке запятой ничто не препятствует.
