1. Непростой вопрос. Чтобы правильно ответить, нужно помнить, что при склонении многих местоимений, особенно личных, используется супплетивная основа - склонение затрагивает не только флексию, но и саму основу, корень слова.
2. Вы правы.
Счет-фактура – существительное мужского рода. Правильно: счет-фактура выставлен, счет-фактура получен и т. д. При склонении изменяются обе части этого слова:
| счёт-фактура | счета-фактуры |
| счёта-фактуры | счетов-фактур |
| счёту-фактуре | счетам-фактурам |
| счёт-фактуру | счета-фактуры |
| счётом-фактурой | счетами-фактурами |
| о счёте-фактуре | о счетах-фактурах |
Предлог благодаря употребляется со значением "вследствие" или "при помощи". Деепричастие соотносится по значению с глаголом благодарить. Кроме этого, различается грамматическая сочетаемость. Ср.: Сдал экзамен благодаря (чему) феноменальной памяти; Зрители хлопали, благодаря (кого) артиста.
Алтарь - это не столько место поклонения, сколько жертвенник. На наш взгляд, не обязательно в тексте пояснять назначение алтаря.
Сочетание "смертный человек" корректно. При этом в Вашем примере слово "человек" вообще можно убрать.
Оба варианта верны. Употребление собирательных числительных (двое, трое, четверо...) с существительными мужского рода, называющими лиц, корректно (в том числе в косвенных падежах); употребление количественных числительных (два, три, четыре) в этих случаях тоже возможно.
На форму согласования сказуемого не влияет наличие при подлежащем присоединительных конструкций: В майские дни прошлых лет пресса, в том числе и автор этих строк, всегда писала о победе над Германией, вспоминала героев войны.
На форму согласования сказуемого не влияет наличие при подлежащем уточняющих или пояснительных слов, присоединительных конструкций, сравнительных оборотов и т. д.: Красный сигнал, в том числе и два попеременно мигающих красных сигнала, запрещает движение.
Эти термины не лингвистические, а издательские. Пунктуационный знак называется одним словом -- тире. Более длинный знак используют как пунктуационный знак тире, более короткий -- как "технический знак" (например, при обозначении интервала, выраженного цифрами).
В «Справочнике по правописанию и литературной правке» Д. Э. Розенталя отмечено, что при указании десятилетий посредством порядковых числительных обычно употребляется не винительный падеж, а предложный: в 90-х годах. Но фактически употребимы оба варианта.
Словари русского языка указывают на допустимость обоих вариантов: витражи и витражи. При этом в одних словарях эти варианты даны как равноправные, в других указано, что вариант витражи устаревает и предпочтительно все же: витражи.