Да, нужно выделить эти слова запятыми.

Корректно: Он вдохнул обволакивающий, нежный шлейф духов и сам не заметил, как оказался сидящим напротив нее с глупой улыбкой и все еще держащим свой поднос с обедом на весу. Запятая после слова духов не нужна, т. к. неповторяющийся союз и соединяет однородные сказуемые вдохнул и не заметил.

Правило о написании Вы с прописной буквы при вежливом обращении к одному лицу не является строго обязательным и применяется по желанию пишущего. Написание вы со строчной – вовсе не ошибка (и уж тем более не грубая). Обращение на вы  само по себе является признаком уважительного отношения к собеседнику.

В «Словаре собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко зафиксировано: Дмитрий Козак, Дмитрия Козака. Т. е. ударение при склонении переходит на окончание.

Название Шпре (Шпрее) не склоняется. Склоняются простые иноязычные названия рек, если эти топонимы не оканчиваются на гласные -у, -о, -е, -и, -ы.

Если оборот с согласия отца будет обособлен, он будет играть роль попутного замечания. Смысл будет таким: Казбич вообразил, будто Азамат украл лошадь, да еще и с согласия отца.

Корректно с запятой: ополчились на него, как на врага.

Женские имена на -ия, в которых я безударное, имеют в дательном падеже окончание И: Марии, Лилии, Виктории. Однако личные имена восточного и иного происхождения, оканчивающиеся на ударное я, имеют в дательном падеже окончание Е: Зульфия – Зульфие, Алия – Алие.

Это не вполне верно. Чередование Г-Ж в топонимах (особенно иноязычных) осуществляется не на основе правила, а проверяется в словарном порядке.

Полагаем, что действует то же правило, то есть следует писать прописное С: ...Стою близ моря на скале; / Стою, задумчивость питая.

Что касается выбора варианта, вопрос не очень понятен, так как надо  представлять себе, что это за учебное пособие, как оформлены другие материалы. Мы бы, наверное, выбрали такой вариант: «Я здесь стою близ моря на скале; / Стою, задумчивость питая». Особые правила цитирования стихотворных текстов нам неизвестны (кроме того, что эти тексты можно набирать в подбор, показывая разбиение на строки косой чертой). Точность цитат одинакова для всех изданий (если только это не намеренное искажение текста или автор не хочет подчеркнуть, что он или его персонаж вспоминает цитату: «Что-то там, тати-тата…»). Единственное, что в обучающих изданиях, где цитат очень много, они, полагаем, не всегда нуждаются во внутритекстовых или постраничных ссылках на источник, но библиографический список в конце нужен, хотя бы потому, что, прочитав цитату, скажем, из Пушкина, читатель может удивиться, не найдя приведенные строки в своем издании, поскольку текст цитировался по другому собранию сочинений.