Запятая нужна. Здесь действует правило о знаках препинания в сложноподчиненном предложении. Подробнее эта ситуация описана в справочниках Д. Э. Розенталя:

В составе сложноподчиненного предложения может быть неполное предложение — в главной части или придаточной:

1) неполное в главной части: Вот уже два года, как мы женаты...;

2) неполное или близкое к неполному в придаточной части: ...Делайте всё, что нужно; Поставьте, как вам удобно; Сообщите, кому следует...

Такого органа – Федеральная служба юстиции – в нынешней структуре федеральных органов исполнительной власти Российской Федерации не существует. Есть Министерство юстиции Российской Федерации (Минюст России), в структуре которого – Федеральная служба исполнения наказаний (ФСИН России) и Федеральная служба судебных приставов (ФССП России).

Ни один из органов исполнительной власти России не имеет сокращения ФСЮ. Возможно, речь идет не о властной структуре? Или о властной структуре в какой-либо другой стране (не России)?

В точности такая ситуация в справочниках по русской пунктуации, имеющихся сегодня в нашем распоряжении, не описана. Вообще, в них представлены далеко не все ситуации, которые могут быть переданы в письменной речи. Впрочем, термин парцелляция в них используется. Так, в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.) о парцелляции идёт речь в разделе «Знаки препинания при уточняющих, пояснительных и присоединительных членах предложения», в параграфе 86. 

Данная ситуация правилами не описана. Нужно пользоваться привычными для читателя средствами, чтобы текст был понятен. Набор курсивом — неудачное решение. Качество звука нужно описать лексическими средствами, а диалог оформить традиционным способом.

— Алло, это ты, что ли?

— Ага, кто же ещё, — потрескивающим из-за плохой связи голосом сказал Гена.

— И где ты?

— А, ну это, — неуверенно начал он, — в Москве, ясное дело.

— Чего?

— Ну, в Москве. — Гене явно было немного неловко. — А я не говорил разве?

Полагаем, что корректен первый вариант оформления. К сожалению, в правилах данная ситуация достаточно ясно не описана. Предлагается писать со строчной буквы после двоеточия или тире члены предложения, например: Она спросила, кто он, не француз ли, и стала по его просьбе гадать: бельгиец? датчанин? голландец? Считаем, что данное правило нужно распространить и на вопросы, располагающиеся после вводящего их слова.

Обратите внимание: первое слово как лучше опустить: ...на такие вопросы: как научиться петь? сколько зарабатывают музыканты?  

Пунктуация при «встрече» присоединительного союза также и подчинительного союза (например, если) в начале предложения не описана в справочниках, и это не случайно: предложение вообще не рекомендуется начинать со слова также, о чем подробно можно прочитать в статье В. В. Кавериной. Если убрать это слово, смысл не пострадает: Если вы будете пить кофе, возьмите воды с лимоном. Если же по каким-либо причинам предложение редактировать нельзя (например, нужно дословно записать сказанные кем-то слова), то указанную запятую рекомендуем поставить.

Для постановки двоеточия нет оснований. Скобки уместны.

Предпочтительно согласование в ед.ч., но возможно и мн.ч.